Advertisement

Python-用于蛋白质结构机器学习的标准化数据集

  •  5星
  •     浏览量: 0
  •     大小:None
  •      文件类型：None

简介：
本数据集提供了一系列标准化的蛋白质结构数据，旨在促进基于机器学习的方法研究与发展，特别适用于Python环境下的科学计算与模型训练。 用于机器学习蛋白质结构的标准化数据集。

全部评论 (0)

还没有任何评论哟~
客服
客服
客服关闭
  • Python-用于蛋白质结构机器学习的标准化数据集
    优质
    本数据集提供了一系列标准化的蛋白质结构数据，旨在促进基于机器学习的方法研究与发展，特别适用于Python环境下的科学计算与模型训练。 用于机器学习蛋白质结构的标准化数据集。
     
  • ProteinNet：蛋白质结构机器学习的标准数据集
    优质
    ProteinNet是一个专为蛋白质结构预测设计的大型标准机器学习数据集。它旨在推动基于深度学习的方法在这一领域的应用和研究。 蛋白质网ProteinNet是用于机器学习蛋白质结构的标准化数据集。它提供了蛋白质序列、结构以及多个序列比对、位置特定评分矩阵和标准化拆分。该数据库建立在两年期评估的基础上，通过针对最近解决但尚未公开获得的蛋白质结构进行盲测预测来推动计算方法的发展。ProteinNet被组织为一系列的数据集，涵盖了CASP 7至12（涵盖十年），从而可以在数据稀缺到丰富的不同环境中测试新方法的有效性。 请注意，这只是一个初步版本，并且用于构建这些数据集的原始资料和多序列比对信息尚未广泛提供。然而，根据需求可以获取ProteinNet 12的数据集中的原始MSA数据（4TB）。
     
  • 蛋白质二级结构预测：基于机器学习的蛋白质-SS预测
    优质
    本研究聚焦于利用机器学习技术提升蛋白质二级结构（SS）预测精度。通过分析和建模氨基酸序列信息，开发高效准确的预测模型，促进生物信息学领域的发展与应用。 蛋白质二级结构预测可以通过分析其氨基酸序列来进行。首先将所有氨基酸序列合并，并采用20种不同类型的氨基酸及其对应的3个或8个二级结构（分别用E、H和t表示，或者使用另外的8类）。通过滑动窗口技术，在不同的窗口大小下进行处理：例如在21和13的位置上寻找中间位置的氨基酸作为目标结构。每个窗口中的每一个氨基酸都被转换成一个热编码，并且将所有这些单个热编码连接起来形成一个21x20矩阵，这被视为一种黑白图像输入给模型。 尝试了使用CNN、RNN、LSTM或GRU进行预测，但对精度的影响不大。基准测试的结果如下： - 预测3种二级结构：准确率为73% - 预测8种二级结构：准确率为52% 该研究依赖于一些特定的库和工具，包括火狐（Torch）、大熊猫、脾气暴躁的Matplotlib 和海生scikit学习。测试是在Python 3.8.3 x64环境下进行的。 此方法可以应用于不同的数据集以提高预测精度。
     
  • 蛋白质数据集——portein.txt
    优质
    protein.txt是一个包含各种蛋白质相关信息的数据文件，包括氨基酸序列、结构特性等关键数据，为生物学和医学研究提供重要资源。 protein.txt是一个用制表符分隔的文本段落件，其中包含欧洲蛋白质消费数据（Protein Consumption in Europe）。该数据集提供了25个欧洲国家对9类食物的蛋白质消耗情况，由25行10列组成。每一行记录代表一个国家的蛋白质消费数据。
     
  • 用于蛋白质质谱数据可视化的软件工具
    优质
    本软件是一款专为蛋白质质谱数据分析设计的专业可视化工具，它能够高效处理和展示复杂的质谱数据，帮助研究人员快速准确地识别和分析蛋白质。 一种用于蛋白质质谱数据可视化的软件由荣双梅和苏忠城开发。质谱分析方法在蛋白质组学研究中被广泛应用。然而，不同类型的质谱仪产生的初始数据格式存在差异，这严重阻碍了对蛋白质的鉴定与定量研究。
     
  • 蛋白质组学数据的分析
    优质
    蛋白质组学数据分析是研究生物体内所有蛋白质组成、结构及功能的技术领域。它通过对大规模实验数据进行处理和解析，揭示生命过程中的关键分子机制。 蛋白质组学数据的分析涉及对生物体内所有蛋白分子进行系统性的研究。通过先进的技术手段和算法模型，研究人员能够全面了解特定条件下表达的所有蛋白质种类及其变化情况。这有助于深入理解生命过程中的各种生理及病理机制，并为疾病诊断、药物开发等领域提供重要的科学依据和技术支持。
     
  • 基于GNNs的蛋白质-蛋白质相互作用研究
    优质
    本研究利用图神经网络(GNNs)技术深入探究蛋白质间的相互作用机制，旨在提升对复杂生物系统理解及药物设计效率。 探索图注意力网络（GAT）架构和图卷积网络（GCN）架构来对蛋白质-蛋白质相互作用数据集中的节点进行分类。在PyTorch中实现。 运行方法： 1. 安装requirements.txt文件中列出的依赖项。 2. 要运行训练脚本，请使用以下命令：python train.py --model_type= --input_dir= --output_dir=
     
  • PPI蛋白质互作网络数据集
    优质
    PPI蛋白质互作网络数据集包含大量关于蛋白质之间相互作用的信息，有助于研究生物分子功能及疾病机制。 网络表示学习涉及使用ppi-class_map.json、ppi-feats.npy、ppi-G.json、ppi-walks.txt和ppi-id_map.json这些文件进行相关研究与分析。
     
  • 蛋白质二级结构的预测方法
    优质
    蛋白质二级结构预测是生物信息学中的重要课题，它通过分析氨基酸序列来预测蛋白质链的空间构象。此研究对于理解蛋白质功能至关重要。 通过平衡数据集可以提高蛋白质二级结构预测的准确性。
     
  • 红酒与白酒的质量数据集，适用于机器学习的数据挖掘数据库
    优质
    本数据集包含红酒和白酒的各项质量参数，旨在支持机器学习中的分类任务及数据挖掘研究。 红酒和白酒质量数据集可以作为机器学习中的数据挖掘数据库使用。文件列表如下：Wine Quality Data Set\wine quality-red.xls, Wine Quality Data Set\wine quality-white.xls, Wine Quality Data Set\winequality-red.csv, Wine Quality Data Set\winequality-red.txt, Wine Quality Data Set\winequality-white.csv, Wine Quality Data Set\winequality-white.txt, Wine Quality Data Set\winequality.names。