CRISPR Primer Designer 1.1.2 (x64)是一款专为基因编辑设计的软件工具，适用于Windows系统。它能够高效地生成CRISPR实验所需的引物序列，助力科学研究和应用开发。
CRISPR Primer Designer是一款本地化运行的单机版基因编辑引物设计软件，旨在提高基因编辑特异性，并自动分析Blast比对结果以直接生成最终引物序列。该程序内置了拟南芥和水稻的基因组序列，但也可以支持用户自定义其他物种（如人、小鼠、果蝇、斑马鱼）的基因组数据。
使用教程如下：
第一步：将目标基因的CDS编码区序列粘贴到指定框内，并勾选Local blast选项后点击Search PAMs按钮。
第二步：从弹出对话框中选择背景基因组（水稻或拟南芥，或者上传自定义物种的染色体数据），然后点击Blast按钮。系统将自动执行搜索并与背景基因组进行比对分析。
等待完成提示后，确认即可查看结果。每个PAM位点会有一个评分值，分数越低代表特异性越好；不建议使用没有得分或得分较高的PAM位点，因为它们可能会导致更高的脱靶风险。该程序的算法较为严格，在大多数情况下候选的PAM数量较少。
选择一个合适的 PAM 位置（默认为最低分的那个），再指定所使用的载体名称（内置了一些常用的接头序列，也可以自定义其它载体），系统会直接提供引物序列供后续合成使用！
参考文献：
Yan, M., Zhou, S.-R., and Xue, H.-W. (2015). CRISPR Primer Designer: Design primers for knockout and chromosome imaging CRISPR-Cas system. Journal of integrative plant biology 57:613-617.
5星
