SNPhylo：利用庞大的SNP数据构建系统树的流程 - 源代码。

简介：
SNPhylo系统发育树构建工具能够有效地推断不同生物间的进化关联，并因此在众多进化研究中得到了广泛应用。 鉴于此，在最近的重新测序项目中，已经建立了一个基于SNP数据的系统发育树。 然而，对于那些包含大量由重测序数据确定的变异体的系统发育树，并没有一个直接且简便的方法来进行评估和确定。 为了解决这一问题，我们开发了一种全新的管道工具——SNPhylo，旨在根据SNP数据生成精确的系统发育树。 通过该工具，用户可以轻松地从包含海量SNP数据的文件中构建出系统发育树。 该工具的构建特征主要依赖于对全基因组SNP信息的综合分析。 传统上，树木的构建通常基于大量具有特定特征的基因，例如单拷贝基因、核糖体RNA基因以及内部转录间隔区序列（ITS）。 相比之下，SNPhylo利用全基因组信息进行树木构建，从而能够更准确地减少SNP冗余，通过连锁不平衡（LD）效应进行优化。 尤其是在同一LD块内，SNPhylo只保留一个信息量最大的SNP突变位点，显著降低了计算时间的同时保证了关键信息的完整性。 整个树木构建流程也实现了高度自动化操作。