本教程详细介绍了使用ITK-SNAP软件进行图像处理的具体步骤,包括如何高效地从医学影像中提取目标区域(抠图),并保存为标准格式的掩模文件。适合希望提高医学影像分析技能的研究者和技术人员参考学习。
ITK-SNAP是一款强大的医学图像分析软件,提供包括分割、三维可视化及注释在内的丰富功能。本段落将指导如何使用该工具进行抠图操作,并保存生成的掩模以供后续处理。
第一步是创建二值化掩模:
1. 打开ITK-SNAP。
2. 使用“绘制”工具在图像上勾画目标区域,通过点击像素点来选择感兴趣的部分。软件将这些点连接成一个封闭多边形。
3. 完成后按“接受”,选定的区域将以特定颜色(标签)显示,默认背景为0,目标区为1。
4. 对于三维数据集,在不同层间勾画时使用滚轮移动到下一层,并利用“粘贴上一个多边形”按钮复制前一层面的数据以保持一致性。
5. 最后保存图像,此时生成的即是一个二值化的掩模文件(通常扩展名为.nii或.nii.gz)。
第二步是提取目标区域:
- 通过将原始图像与上述步骤中创建的掩模进行点乘操作来实现。该过程会保留对应位置像素值相等的部分。
- 使用Python环境中的`nibabel`库加载并读取.nii/.nii.gz文件,然后利用`numpy`执行点乘运算以提取目标区域。
在代码层面,首先需要导入必要的库(如`nibabel`, `numpy`),定义图像列表,并使用for循环逐个处理。通过调用函数从磁盘中加载对应的掩模和原始数据,进行像素级的相乘操作后保存结果为新的.nii文件格式。
综上所述,这个实例展示了如何利用ITK-SNAP软件精准地分离出医学影像中的特定区域,并结合Python编程来提取目标区。这项技能在医疗图像处理、病灶检测及配准等领域具有重要应用价值,对于从事相关研究的人员而言非常实用。