本教程提供详尽步骤指导，涵盖使用chewBBACA软件的所有关键操作，包括所需文件准备、分析执行及结果解读。
本教程的目标是通过提供一系列步骤来展示如何使用chewBBACA管道创建714个无乳链球菌基因组的wgMLST（全基因组多位点序列分型）和cgMLST（核心基因多位点序列分型）模式，这些基因组包括在NCBI数据库中的32个完整基因组以及682个草图基因组程序集。教程将逐步说明操作过程，并展示最终结果。
所有关于NCBI基因组的信息都在genomes文件夹内提供，请按照以下步骤进行：
1. 安装chewBBACA。
2. 查阅文档以了解如何安装和配置软件的详细信息，因为chewBBACA自带了一些物种的预训练模型，其中包括无乳链球菌。您可以在相关目录中查看所有可用的训练文件列表。
3. 在此存储库中已经包含了无乳链球菌的培训文件，请将该存储库克隆到本地计算机上的任意选定文件夹内。
4. 进入已克隆至本地电脑的“chewBBACA_tutorial”顶级目录。
5星
