L-曲线MATLAB代码-GRNmap：基因调控网络的建模与参数估算

简介：
L-曲线MATLAB代码-GRNmap提供了用于构建和评估基因调控网络的工具。该软件包采用L-曲线准则进行参数优化，以提高模型准确性，适用于生物信息学研究领域。 GRNmap：基因调控网络建模与参数估计 基因调控网络（GRN）由基因、转录因子及其之间的调节连接组成，这些连接控制着来自那些基因的mRNA和蛋白质表达水平。GRN的动力学表现为网络中基因表达随时间的变化方式。 GRNmap使用普通微分方程对中小型GRN的动力学进行建模，并通过惩罚最小二乘法根据时序基因表达数据（通常由DNA微阵列生成，但也可以接受其他技术的数据）估算每个转录因子的生产率、表达阈值和调控权重。网络动力学的正向仿真也是该方法的一部分。 虽然GRNmap最初是为了从发芽酵母啤酒糖酵母(Saccharomyces cerevisiae)中建模GRN而开发，但它也可以用于任何拥有时序基因表达数据的物种。使用S型产生函数可以执行多种操作：参数估计、仅进行正向仿真、固定或估算生产率和阈值等。 此外，GRNmap能够自动运行多次连续的估算运行以优化参数alpha（“L曲线”分析）。用户还可以选择是否自动生成表达图，并且可以直接从MATLAB中的源代码中运行。