bwa-mem2：bwa-mem的下一版

简介：
BWA-MEM2是BWA-MEM的升级版本，优化了内存使用和运行速度，提供了更精确的长读段比对功能，适用于大规模基因组数据分析。 我们很高兴地宣布一项重要更新：通过仅使用一种类型的FM索引（2bit.64而非同时使用的2bit.64与8bit.32），并结合8倍压缩技术，磁盘上的索引大小减少了八分之一，内存中的索引占用也缩减了四分之一。具体来说，在处理人类基因组时，这将使磁盘上存储的索引从大约80GB减少到10GB左右，并且内存使用量也将从40GB降至约10GB。由于这种压缩并未显著影响读取映射的速度（因为减少了IO时间），因此性能几乎不受影响。 此外，在2020年10月10日提交的代码变更中，索引结构有所更新，请注意重建索引以适应这一变化。 另外，从某个特定版本开始，我们引入了一个名为safestringlib的新git子模块。在克隆项目时请使用--recursive选项来获取此子模块的内容；或者对于已经完成初始克隆的仓库来说，则需要执行git submodule init和git submodule update命令以确保其被正确安装。 还有一项更新是在提交a591e22中，输出SAM文件添加了MC标志。这使得我们的输出与bwa-mem版本0.7.17保持一致。