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基于BILSTM+CRF的医疗实体识别项目实践(使用PyTorch框架)

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简介:
本项目采用PyTorch框架,运用BILSTM与CRF模型结合的方法进行医疗文本中的命名实体识别,提高医学自然语言处理的精度。 在进行医疗实体识别项目实践时,我们采用BILSTM+CRF模型,并使用PyTorch框架实现。由于pytorch-crf库在计算损失函数时会自动添加转移矩阵的处理,因此无需手动为样本和标签添加这些标记。评估方法则采用了CoNLL-2000标准中的权威评价方式。

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  • BILSTM+CRF使PyTorch
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    本项目采用PyTorch框架,运用BILSTM与CRF模型结合的方法进行医疗文本中的命名实体识别,提高医学自然语言处理的精度。 在进行医疗实体识别项目实践时,我们采用BILSTM+CRF模型,并使用PyTorch框架实现。由于pytorch-crf库在计算损失函数时会自动添加转移矩阵的处理,因此无需手动为样本和标签添加这些标记。评估方法则采用了CoNLL-2000标准中的权威评价方式。
  • BERT-BiLSTM-CRF中文
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    本研究采用BERT-BiLSTM-CRF模型进行中文实体识别,通过结合预训练语言模型与序列标注技术,有效提升了实体识别准确率和效率。 命名实体识别是自然语言处理中的关键技术之一。基于深度学习的方法已被广泛应用于中文实体识别的研究当中。然而,大多数深度学习模型的预处理主要关注词和字符特征的抽取,却忽视了词上下文语义信息的重要性,导致这些模型无法充分表征一词多义的现象。因此,目前的实体识别性能还有待进一步提升。 为了应对这一挑战,本段落提出了一种基于BERT-BiLSTM-CRF框架的研究方法。首先利用BERT模型生成包含丰富上下文信息的词向量;然后将得到的词向量输入到BiLSTM-CRF模型中进行训练处理。实验结果表明,在MSRA语料库和人民日报语料库上,该研究方法都取得了相当不错的效果,F1值分别达到了94.65%和95.67%,显示出了良好的性能表现。
  • 中文命名抽取——TensorFlow和PyTorchBiLSTM+CRF模型
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    本项目专注于利用TensorFlow和PyTorch框架实现BiLSTM结合CRF算法进行中文文本中的命名实体识别及实体提取,旨在提升模型在自然语言处理任务中的表现。 中文命名实体识别涉及实体抽取技术,可以使用TensorFlow或PyTorch框架结合BiLSTM+CRF模型进行处理。数据文件夹内包含三个开源的数据集:玻森数据、1998年人民日报标注数据以及MSRA微软亚洲研究院的开源数据。其中,玻森数据包含了六种不同的实体类型;而人民日报语料和MSRA通常只提取人名、地名及组织名称这三种类型的实体信息。首先运行文件夹内的Python脚本以处理这些原始数据集,并为后续模型训练做好准备。
  • PyTorch命名代码.zip
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    本项目为基于PyTorch框架开发的医疗领域命名实体识别系统源码,旨在提高医学文本中关键信息提取效率与准确性。 基于pytorch的医疗命名实体识别项目源码.zip
  • PyTorchBERT-BiLSTM-CRF中文命名
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    本研究利用PyTorch框架开发了一种结合BERT、BiLSTM和CRF模型的系统,专门针对中文文本进行高效的命名实体识别,提升了实体边界检测与分类精度。 依赖:python==3.6(可选)、pytorch==1.6.0(可选)、pytorch-crf==0.7.2、transformers==4.5.0、numpy==1.22.4、packaging==21.3 温馨提示:新增了转换为onnx并进行推理的功能,具体内容在convert_onnx下,使用命令python convert_onnx.py执行。仅支持对单条数据的推理。在CPU环境下,原本的推理时间为0.714256477355957秒,转换后为0.4593505859375秒。需要安装onnxruntime和onnx库。 注意:原本的pytorch-crf不能转换为onnx,在这里使用了替代方案。目前只测试了bert_crf模型,其他模型可根据需求自行调整。 问题汇总: ValueError: setting an array element with a sequence. The requested array has an inhomogeneous shape after 1 dimensions. 解决方法:pip install numpy==1.22.4 packaging.ver
  • PyTorchBiLSTM-CRF中文命名
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    本研究利用PyTorch框架开发了一种基于BiLSTM-CRF模型的系统,专门针对中文文本进行高效的命名实体识别,提升了对复杂句子结构的理解能力。 基于PyTorch+BiLSTM_CRF的中文命名实体识别 文件结构说明: - checkpoints:模型保存的位置 - data:数据位置 - |-- cnews:数据集名称 - | |-- raw_data:原始数据存储位置 - | `-- final_data:标签、词汇表等信息存储位置 - logs:日志存储位置 - utils:辅助函数存放位置,包括解码、评价指标设置、随机种子设定和日志配置等功能 文件列表: - config.py:配置文件 - dataset.py:数据转换为PyTorch的DataSet格式 - main.py:主运行程序 - main.sh:运行命令脚本 - models.py:模型定义 - process.py:预处理,包括数据处理并转换成DataSet格式 运行命令示例: ``` python main.py --data_dir=data/cnews/final_data --log_dir=logs --output_dir=checkpoints --num_tags=33 --seed=123 --gpu_ids=0 --max_seq_len=128 ```
  • 毕业设计:PytorchBERT+BiLSTM+CRF命名源码
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    本项目采用Pytorch框架,结合BERT、BiLSTM和CRF模型进行命名实体识别。代码详细注释,适用于自然语言处理研究与应用开发。 基于BERT+BiLSTM+CRF的命名实体识别项目利用深度学习技术自动检测文本中的命名实体。该项目采用Pytorch框架实现。 以下是项目的实施步骤: 1. 数据准备:收集并整理标注好的命名实体数据集,例如CoNLL-2003数据集,并进行预处理以转换为适合模型输入的数据格式。 2. 模型构建: - BERT模块:使用预先训练的BERT模型作为输入层来捕捉文本中的上下文信息。可通过Hugging Face提供的transformers库加载和应用预训练的BERT模型。 - BiLSTM结构:在BERT之后添加双向长短期记忆网络(BiLSTM)以进一步提取特征并进行更深层次的上下文建模。 - CRF层:最后加入条件随机场(CRF)来对标签序列进行预测,优化识别效果。 3. 模型训练:将数据集划分为训练、验证和测试三个部分。利用训练集调整模型参数,并通过验证集确定最佳超参数组合以提高性能。 4. 结果评估:用独立的测试集合评价经过调优后的模型表现,计算精确度、召回率及F1分数等指标来全面衡量系统的识别能力。
  • LSTM+CRFBiLSTM+CRF和LSTM CRF PyTorch命名代码
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    本项目提供基于LSTM-CRF、BiLSTM-CRF模型的命名实体识别(NER)PyTorch实现,适合自然语言处理任务中的实体抽取。 需要提供可以直接运行的使用pytorch实现的LSTM+CRF、BiLSTM+CRF以及LSTM CRF进行命名实体识别的代码和数据。
  • BERT+BiLSTM+CRF命名Pytorch源码.zip
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    本资源提供了一个使用Python和PyTorch实现的基于BERT、BiLSTM及CRF模型进行命名实体识别(NER)的完整代码库,适用于自然语言处理任务。 Pytorch实现基于BERT+ BiLSTM+CRF的命名实体识别项目源码.zip (由于文件名重复了多次,为了方便理解可以简化为:该项目提供了一个使用Pytorch框架,结合BERT、BiLSTM以及CRF模型进行命名实体识别任务的完整代码库。)
  • BERT、CRFBiLSTM构建学知图谱
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    本研究利用BERT、CRF及BiLSTM技术结合,优化医学文本中的命名实体识别精度,助力高效构建精准的医学知识图谱。 在构建医学知识图谱的过程中,实体识别(Entity Recognition, ER)是至关重要的一步,它涉及到从非结构化的文本中抽取出具有特定意义的实体,如疾病、症状、药物等。BERT(Bidirectional Encoder Representations from Transformers)是近年来自然语言处理领域的一个突破性模型,而CRF(Conditional Random Fields)和BiLSTM(Bidirectional Long Short-Term Memory)则是序列标注任务中的常用工具。本项目将这三者结合,以提升在医学文本中进行实体识别的精度。 BERT是一种预训练语言模型,其创新之处在于利用Transformer架构实现了双向上下文的理解。在预训练阶段,BERT通过Masked Language Modeling和Next Sentence Prediction两个任务学习到丰富的语言知识。在实体识别任务中,我们可以将BERT的预训练模型作为基础,并进行微调使其适应特定领域的文本,如医学文献。 接下来,BiLSTM是一种特殊的循环神经网络,它能够同时考虑前向和后向的信息流,从而更好地捕捉序列中的长期依赖关系。在实体识别任务中,BiLSTM可以对输入序列的每个位置进行特征提取,并为后续分类决策提供上下文信息。 CRF(条件随机场)是一种统计建模方法,在序列标注任务中有广泛应用。与简单的分类模型相比,CRF能够考虑当前预测标签及其前后标签的关系,以提高整个序列的一致性。在BERT和BiLSTM提供的特征基础上,CRF层可以优化整个序列的标签分配,并减少孤立错误标签的出现。 将这三者结合起来,我们可以构建一个高效的实体识别系统:BERT负责获取深度语义表示;BiLSTM捕捉序列信息;而CRF则优化整个序列的标签分配。这种架构在处理复杂的医学文本时能够更好地理解上下文环境、准确地识别出实体并进行合理的边界划分。 实际应用中建立医学知识图谱通常包括以下步骤: 1. 数据准备:收集相关文献和报告,对数据进行预处理(如分词、去除停用词等)。 2. 模型构建:结合BERT、BiLSTM和CRF构建实体识别模型,并对其进行训练。 3. 实体识别:利用训练好的模型从新文本中提取疾病、药物、症状等相关信息。 4. 关系抽取:进一步分析这些实体之间的关系,如疾病的症状或治疗的用药情况等。 5. 知识图谱构建:将上述提取出的信息组织成知识库的形式。 6. 应用服务:利用建立的知识图谱为医疗诊断支持、药物推荐及临床决策提供帮助。 通过这样的流程,我们可以创建一个强大的医学知识图谱,从而促进医疗健康行业的智能化发展。同时不断迭代和优化模型可以进一步提高知识图的质量与实用性。