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基于 TransUnet 实现腹部多脏器分割的实战,包含代码、数据集和训练结果。

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简介:
腹部包含多个重要的器官,包括:肝脏、右肾、左肾以及脾脏。此外,针对分割网络相关的实际应用场景,我们开展了深入的研究。具体内容可参考博客文章: 利用AdamW作为优化器,并采用余弦退火算法进行学习率的衰减,损失函数设定为交叉熵。 The training script will produce a comprehensive collection of outputs, including the loss values for both the training and validation sets, alongside the IoU curves and learning rate decay curves. Furthermore, it generates detailed training logs and visualizations of the datasets, culminating in the preservation of the final and best-performing weight files. 2. 验证脚本的功能在于对模型进行评估,它会计算测试集中的IoU、召回率、精确率以及像素准确率等指标。此外,训练集主要用于模型的网络拟合,验证集则被用来优化和调整模型的参数,而测试集则用于全面地评估模型的性能。 3. 预测脚本负责对图像进行推理处理,其输出结果包括生成Ground Truth(GT)图像以及Ground Truth加图像的掩膜图像。 经过精心编写,该代码包含了详尽的注释,方便用户自主下载进行查阅。若您希望利用该代码进行数据训练,请务必参考README文件中的指导,它提供了一种简单易懂的运行方式。 经过100个epoch的训练,该项目在测试集上的表现令人满意,具体而言,像素级别的准确率达到了0.986,同时,平均交集在覆盖率(mean iou)方面也取得了0.779的优秀结果。

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客服
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  • FCN网络5
    优质
    本研究运用全卷积神经网络(FCN)技术进行腹部CT图像处理,专注于自动化识别与分割肝脏、肾脏等五种重要器官,提供精准医疗分析支持。 本项目基于FCN网络对腹部多脏器数据集进行处理,并包含数据集、代码及训练好的权重文件。经测试,可以直接使用提供的代码。 该数据集中包括五种器官的分割任务,采用FCN网络经过20个epoch的训练后,在全局像素点准确度上达到了0.99,miou为0.80;若增加训练周期,则性能将进一步提升。 项目中的主要文件如下: 【train.py】此代码会根据标签灰度值自动计算并获取FCN网络输出结果。可以根据不同的任务需求调整超参数backbone(可以选择resnet50或resnet101作为特征提取的主干),同时为了更好的可视化效果,该脚本还会将预处理后的数据保存在指定目录中。 【介绍】学习率采用余弦退火算法进行优化;损失函数选用交叉熵,并使用了收敛速度更快的Adam优化器。训练集和测试集中关于损失值及iou曲线的数据可以在run_results文件夹内查看,此外还保存有详细的训练日志、最佳权重等信息,在这些记录中可以看到每个类别的iou、召回率(recall)、精确度(precision)以及全局像素点准确率。 【predict.py】将待推理的图像放在inference目录下,并直接运行预测脚本即可完成任务。 具体操作方法请参考README文件,即使是初学者也能轻松上手。
  • Unet-MobileNet图像完整等】
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    本项目提供了一套基于Unet-MobileNet模型进行腹部肝脏图像自动分割的实战教程与代码实现,包含详尽的数据预处理、模型训练及评估步骤,并附有开源代码和数据集。 基于Unet-Mobilenet的腹部肝脏图像分割实战代码提供了完整的数据集及训练脚本,并增加了新的评估指标如loss、iou、dice、recall以及precision及其对应的平均值(mean)。此外,还生成了各类别的曲线图与平均值的曲线图(针对训练集和验证集)。 该项目使用LIver数据集进行模型训练。经过100个epoch后,验证集中各指标如下: - 精确率 (Precision): [0.9846, 0.9590] - 召回率 (Recall): [0.9958, 0.8642] - IoU: [0.9805, 0.8334] - Dice系数: [0.9901, 0.9092] 平均值为: - 平均精确率 (Mean Precision): 0.9718 - 平均召回率 (Mean Recall): 0.9300 - 平均Dice系数 (Mean Dice): 0.9497 - 平均IoU: 0.9070 如需使用自己的数据集进行训练,可以参考项目中的readme文件。
  • TransUnet 在 DRIVE
    优质
    本文详细介绍如何使用基于Transformer的TransUnet模型在DRIVE眼底血管分割数据集上进行图像分割,并提供代码与数据集支持。适合研究者快速实践与学习。 DRIVE数据集: 1. 该代码包括训练脚本、验证脚本以及推理脚本。 2. 训练脚本会生成训练集与验证集的损失曲线(loss)、交并比曲线(iou)、学习率衰减曲线,同时还会记录训练日志和可视化图像。 3. 验证脚本用于评估模型性能,计算测试数据集上的交并比、召回率、精确度以及像素准确率等指标。 4. 推理脚本可以对输入的图像进行预测,并生成真值(gt)及带有真值掩膜的图像。 代码详细注释齐全,读者可以根据README文件中的指示自行下载运行。
  • 使用Transformer-Unet进行官13类别践教程【
    优质
    本教程详细介绍如何利用Transformer-U-Net模型对腹部CT图像中的13种器官进行精准分割,包含详细代码、高质量数据集及训练结果展示。 腹部多脏器包含13个类别:0. 背景 1. 脾脏 2. 右肾 3. 左肾 4. 胆囊 5. 食道 6. 肝脏 7. 胃 8. 主动脉 9. 下腔静脉 10.门静脉和脾静脉 11.胰腺 12右肾上腺 13左肾上腺 训练参数使用优化器AdamW,学习率衰减策略采用余弦退火算法,损失函数为交叉熵。 train脚本会生成针对训练集、验证集的loss曲线、iou曲线、学习率变化情况以及数据可视化图像,并且在完成整个过程后输出最终和最佳权重文件。 evaluate 脚本用于评估模型性能,在测试集中计算出iou值、召回率(recall)、精确度(precision)及像素准确率等指标。训练集用于网络拟合,验证集则用来调整参数设置,而测试集的作用在于评价整个模型的效能。 predice脚本负责推理图像处理,并生成预测结果与原始图像叠加后的掩膜图。 代码中包含详细注释,方便用户自行下载查看;若需使用自己的数据进行训练,请参考README文件中的指示操作即可实现简单快捷地运行流程。在经过100个epoch的训练后,模型在测试集上的表现达到了像素准确率98.8%,平均iou为75.5%。
  • Unet与SAM融合提示框Prompt在应用:
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    本研究结合Unet和SAM模型,创新性地引入了提示框Prompt机制,专门应用于腹部多器官的精确分割。通过详细的数据集处理、模型训练以及实验结果分析,展示了该方法在提高分割精度与效率方面的优越性能。文中还提供了实战代码供读者参考学习。 本项目使用PyTorch实现,结合SAM的提示框功能对腹部多脏器进行分割训练与测试。代码包含完整的训练脚本以及一个提供用户界面(UI)的单张图片推理部分,允许通过绘制边界框来完成UNet和SAM模型的联合分割操作。
  • Unet与Resnet在深度学习中应用:五类项目及尺度技巧
    优质
    本文探讨了基于Unet和Resnet模型的深度学习技术在腹部多脏器五类分割项目中的应用,并介绍了有效的多尺度训练技巧,以提高模型性能。 本项目为基于Unet+Resnet的多尺度分割实战项目(包含数据集),其中Unet的骨干网络被替换为了ResNet。 **数据集介绍:** 采用的是腹部多脏器5类别的分割数据集,总大小约为363MB。 **项目说明:** 1. **训练脚本自动执行**:train 脚本能自动进行模型训练。代码会将输入的数据随机缩放为设定尺寸的0.5到1.5倍之间,以实现多尺度训练效果。在utils模块中的compute_gray函数中实现了mask灰度值保存至txt文件的功能,并且该脚本还会根据需求定义UNET网络输出通道的数量。 2. **预处理功能**:项目的全部预处理函数都经过了重新设计和优化,在transforms.py 文件中有详细的实现代码供查阅。 3. **训练效果与结果展示**:模型在50个epochs的训练后,miou(平均交并比)达到了约0.84。学习率采用余弦退火策略调整。run_results文件夹内保存了训练集和测试集上的损失值及IoU曲线图,并且利用matplotlib库绘制这些图像结果;此外还保留有详细的训练日志、最佳权重等信息,使得每个类别及其全局像素点的准确度指标(如iou、recall、precision)一目了然。 4. **预测功能**:项目提供了一个推理脚本,能够自动处理inference文件夹下的所有图片进行分割任务。 整个代码库中添加了大量的注释以帮助理解。如果需要训练自己的数据集,请参考README文档中的指南操作即可轻松运行。
  • Unet++自动驾驶车道线、完整
    优质
    本项目采用Unet++模型进行自动驾驶中的车道线分割任务,并提供详尽的数据集、完整代码和训练结果,助力研究与开发。 基于 UnetPlusPlus 网络的自动驾驶车道线分割实战代码均为手写,全网无重复内容。使用自己的数据进行训练非常简单,只需正确摆放好数据即可参考README文件,即使是初学者也能轻松上手。 所使用的数据集为自动驾驶车道线分割(包含两类别的约3200张图像及其标注)。经过仅测试了30个epoch的初步验证后,在全局像素点准确度达到了0.995、精确度为0.907,召回率为0.908,Dice系数为0.91。随着训练轮次增加,性能还将进一步提升。 代码中提供了多种优化器选择(包括Adam、SGD和RMSProp),并采用了BCE逻辑损失函数作为主要的损失计算方法;学习率衰减则支持常规恒定lr、余弦退火算法以及step式的学习率调整。训练过程中会自动生成最佳与最终模型权重,同时还会提供数据预处理后的可视化效果图、Dice系数和loss曲线等结果展示及详细的训练日志记录。