
Cas-OffFinder:一种超快且通用的算法,用于搜索CRISPR-Cas衍生的RNA引导的内切酶的潜在脱靶位点
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简介:
Cas-OffFinder是一款高效的计算工具,专门设计来快速识别CRISPR-Cas系统可能产生的非目标DNA切割位置。该算法凭借其通用性和速度,在基因编辑研究中具有重要价值。
Cas-OFFinder是一个基于OpenCL的超快速通用程序,用于搜索CRISPR Cas衍生的RNA引导内切酶(RGEN)潜在脱靶位点。
该工具不受错配数量限制,并允许由Cas9(RGEN中的必需蛋白成分)识别的原间隔序列邻近基序(PAM)序列发生变化。需要OpenCL设备才能正常运行。
Cas-OFFinder根据新的BSD许可证(三节条款)分发。已在以下平台进行测试:
- Microsoft Windows (7和8)
- GNU Linux (CentOS, OpenSUSE, Debian, Ubuntu等基本操作系统)
- Mac OS X (小牛)
有关安装的更多信息,请参阅相关文档或说明部分的内容。
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