Phigaro：一款用于预测噬菌体的可扩展命令行工具

简介：
Phigaro是一款专为预测噬菌体设计的高效、灵活的命令行工具。它支持大规模数据处理，助力科研人员快速准确地识别和分析噬菌体基因组信息。 Phigaro v2.3.0 是一个独立的命令行应用程序，能够使用原始基因组和元基因组程序集作为输入来检测前噬菌体区域。它还会生成动态注释的“prophage 基因组图”，并标记在prohages中可能存在的转座子插入点。适用于从大型宏基因组数据集中挖掘Prohage 区域。 Phigaro 使用 Prodigal 从输入的 FASTA 文件预测开放阅读框（即蛋白质）。噬菌体基因使用原核病毒直系同源基因组 (pVOGs) 谱图隐马尔可夫模型(HMM) 进行注释，可以从单独下载。每个重叠群表示为噬菌体和非噬菌体基因的序列。 通过考虑 pVOG 注释和 GC 含量，平滑窗口算法（三角形窗口函数）确定了高密度的噬菌体基因区域，从而界定了前噬菌体及其边界的位置。 已知的问题：Phigaro已在Linux系统上经过测试。