ALRA：一种利用低秩逼近进行scRNA-seq数据插补的方法

简介：
ALRA是一种专为单细胞RNA测序（scRNA-seq）设计的数据插补方法。它通过低秩矩阵逼近技术高效地填补缺失值，恢复原始基因表达模式的完整性和准确性。 自适应阈值低秩近似（ALRA）介绍 ALRA是一种用于在单细胞RNA测序数据中的缺失值插入方法，在预印本“使用低秩近似法对scRNA-seq数据进行零保存插值”中有详细描述。给定一个scRNA-seq表达矩阵，ALRA首先通过随机SVD计算其rank-k近似值。接下来，每一行（基因）都以该基因最负数值的大小为阈值。最后一步是重新缩放整个矩阵。 此存储库包含用于在R中运行ALRA所需的代码。使用ALRA前需要安装RSVD软件包，可以通过执行`install.packages(rsvd)`来完成这一操作。 此外，对于已经安装了该软件包的用户来说，现在提供了一个名为use.mkl的标志，这可以显著提高基于默认rpca版本的速度。需要注意的是,rpca-mkl仍在开发中，并未在CRAN上发布,因此它并非必需的软件包；然而如果用户已安装了此扩展，则可以通过将标志设置为True来启用它的使用功能。