Advertisement

零基础学习转录组数据可视化-绘制差异火山图(标准方法)

  •  5星
  •     浏览量: 0
  •     大小:None
  •      文件类型:ZIP


简介:
本教程旨在教授初学者如何使用标准方法进行转录组数据分析,并重点讲解绘制差异火山图的技术,无需任何前期知识。 总目录包含以下内容: 1. 输入数据 2. R脚本 3. 输出结果(图片) R脚本经过测试可以一键全选后运行通过,压缩包内有配套的数据文件,可以直接用于练习。图片的最终效果可以在教程中查看。 教程链接提供详细指导。

全部评论 (0)

还没有任何评论哟~
客服
客服
  • -
    优质
    本教程旨在教授初学者如何使用标准方法进行转录组数据分析,并重点讲解绘制差异火山图的技术,无需任何前期知识。 总目录包含以下内容: 1. 输入数据 2. R脚本 3. 输出结果(图片) R脚本经过测试可以一键全选后运行通过,压缩包内有配套的数据文件,可以直接用于练习。图片的最终效果可以在教程中查看。 教程链接提供详细指导。
  • 对比的误线
    优质
    本文介绍了针对分组数据的一种有效对比分析工具——误差线图的绘制方法,详细阐述了如何通过误差线来展示数据的分布情况和不确定性。 R语言ggplot绘图的综合简单应用包括绘制分组数据误差线图,这对于初学R语言者使用功能强大的ggplot包有很大帮助。
  • Python——曲线
    优质
    本教程介绍如何使用Python进行数据可视化,重点讲解了绘制曲线图的方法和技巧,帮助用户掌握matplotlib等库的应用。 步骤:1. 获取x坐标和y坐标的数值(可能有多个y坐标),注意数据的长度必须相同。 2. 将每个x值与相应的每组y值组合,并在画布上绘制曲线。 示例代码如下: ```python #coding=utf-8 import matplotlib.pyplot as plt def txt_reader(txt_file): iters, loss_ins, loss_cates, losses = [], [], [], [] with open(txt_file, r) as f: lines = f.readlines() for idx, line in enumerate(lines): # 添加行号索引 pass # 在这里处理每一行的数据,根据需要解析x和y坐标值,并将它们分别存储到对应的列表中。 ``` 请注意补充完整`txt_reader()`函数中的数据读取逻辑。
  • 与变.xlsx
    优质
    本Excel文件深入探讨了统计学中的关键概念——方差、标准差和变异系数。通过实例解析及公式应用,帮助用户理解这些核心指标在数据分析中的重要性及其计算方法。 在Excel 2019上完成了《数据化决策-数据分析与高效经营》的练习,并重新实现了一遍,主要是用来温习Excel的操作。这种方法可以在大数据分析前期的小数据阶段进行探究使用。
  • 分析-处理(于GEO库的芯片)相关资源
    优质
    本课程为初学者提供从零开始的转录组数据分析教程,专注于使用GEO数据库中的芯片数据进行处理。适合生物信息学爱好者和科研人员入门学习。 零基础入门转录组分析——数据处理(GEO数据库——芯片数据) 本教程涵盖了从原始文件到最终数据分析的全过程,包括代码和技术细节分享。读者可以获取相关的原始文件、代码以及经过初步处理的数据资源,以便于学习和实践转录组学中的数据处理方法。
  • 杨桃的Python机器5——:散点
    优质
    本教程讲解如何使用Python进行机器学习中的数据可视化,重点介绍散点图的绘制方法及其在数据分析中的应用。 在Python的机器学习领域,数据可视化是一个至关重要的环节,它能帮助我们理解数据的分布、发现潜在模式并验证模型的效果。本篇文章主要介绍如何利用Matplotlib库创建散点图,这是数据可视化的基础操作。 我们需要引入Matplotlib库。通常会使用`import matplotlib.pyplot as plt`来导入这个库,并通过简洁的方法调用其功能。如果尚未安装Matplotlib,可以使用命令行中的`pip install matplotlib`进行安装。 在数据可视化过程中,散点图是一种常见的图表类型,适用于展示两个变量之间的关系。在Matplotlib中,我们可以通过`scatter()`函数绘制这种图形。它的基本使用方法是`scatter(x, y)`,其中x和y分别代表数据点的坐标值,在绘图时需要确保这两个参数都是长度相等的元组或列表。 例如,如果我们有三个数据点,它们在平面直角坐标系中的位置分别是(1, 1),(2, 4) 和 (3, 9),那么使用`plt.scatter((1, 2, 3), (1, 4, 9))`就可以把这些点绘制出来。 在机器学习中,我们经常需要通过不同的颜色来区分数据的类别。假设我们的数据集包含两个特征和一个标签,并且希望用不同颜色表示标签为0或1的数据。为了实现这一点,我们需要先将数据按标签分类,然后分别调用`scatter()`函数以指定的颜色绘制两类数据。 在代码中,我们首先读取数据文件并将其转换成浮点数形式的数组,存入特征矩阵和标签向量中。之后使用颜色参数来区分不同的类别,并通过`plt.scatter()`进行绘图操作。最后,调用`plt.show()`显示图形。 这种可视化方法能够帮助我们直观地理解不同特征与标签之间的关系,这对于机器学习模型的设计、训练及评估非常有用。 数据可视化是机器学习中不可或缺的一部分,而Matplotlib作为Python的强大绘图库,则提供了丰富的功能来支持这一过程。在本篇文章里,虽然主要介绍了如何使用`scatter()`函数创建散点图,但事实上Matplotlib还能够绘制多种类型的图表(如直方图、折线图等),这些工具可以帮助我们从多个角度解析数据,从而提高数据分析的效率和质量。
  • TCGA库中的肺腺癌
    优质
    本研究基于TCGA数据库,分析并提供标准化后的肺腺癌转录组数据集,为肺癌相关基因表达及分子机制的研究提供了重要的资源。 提供了一个Excel资源,其中包含了从TCGA数据库提取的肺腺癌普通转录组数据,特别适合那些不熟悉如何处理TCGA数据库的新手使用。该资源中的表格已经整理好了基因表达矩阵的数据集,非常适合用于数据分析练习。 与这个资源配套的学习教程包括:《零基础入门转录组数据分析——加权基因共表达网络分析(WGCNA)》、《零基础入门转录组数据分析——机器学习算法之lasso(筛选特征基因)》和《零基础入门转录组数据分析——机器学习算法之SVM-RFE(筛选特征基因)》,这些教程可以帮助用户从零开始掌握相关技术。
  • Matplotlib的-气泡
    优质
    本教程详细介绍如何使用Python中的Matplotlib库创建气泡图,帮助读者掌握数据可视化的高级技巧。 数据可视化可以通过使用Matplotlib库来绘制气泡图实现。这种方法可以帮助用户更直观地理解复杂的数据集之间的关系。在创建气泡图时,可以调整各种参数以优化图表的展示效果,比如设置气泡的颜色、大小以及透明度等属性,从而更好地呈现数据间的差异和关联性。
  • 分析处理(于TCGA库)教程及其实验资料包
    优质
    本教程专为零基础学员设计,全面讲解如何利用TCGA数据库进行转录组数据分析处理。包含详尽实验资料包,助力生物信息学入门者快速掌握技能。 TCGA数据集是转录组分析常用的数据库之一。从该数据库获取所需的数据集后进行数据清洗过程虽然较为复杂,但却是至关重要的一步。本资源包含了零基础入门转录组分析——数据处理(使用TCGA数据库)教程中配套的代码、原始数据和最终处理好的数据。