
通过分析植物产生的纳米Kong测序读数,用于检测甲基化的信号水平特征。
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简介:
深度信号厂是一种利用牛津纳米Kong测序读物来识别甲基化状态的深度学习方法。deepsignal-plant通过BiLSTM模型,从Nanopore读数中进行甲基化检测。 该项目构建于Python 3和PyTorch之上。 为了安装和运行深度信号装置,首先需要使用tombo处理来自纳米Kong读取的原始信号。 预备条件:版本1.5.1。 依赖关系:版本需大于等于1.2.0且小于等于1.5.0。 建议在安装deepsignal-plant及其相关依赖项时,采用虚拟环境以避免冲突。 可以通过以下命令创建和管理虚拟环境: 创建虚拟环境:`conda create -n deepsignalpenv python=3.6`;激活虚拟环境:`conda activate deepsignalpenv`;停用虚拟环境:`conda deactivate`。
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