批量进行 Autodock Vina 分子对接
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简介：
本项目介绍如何使用Autodock Vina软件进行大规模分子对接计算，旨在优化药物设计流程，提高虚拟筛选效率。
分子对接是生物计算领域中的一个重要技术，用于预测小分子（如药物候选物）如何与大分子（如蛋白质）结合，在药物设计和发现中至关重要。Autodock Vina是一款高效且用户友好的分子对接软件，能够自动寻找最优的配体-受体复合物构象，并评估其结合亲和力。
在Ubuntu 18.04上安装Autodock Vina及相关工具包时，请确保系统是最新的，通过`sudo apt-get update`更新包列表。接着安装必要的依赖项，包括图形库、Python库等。下载并解压Autodock Vina及MGLTools（一套用于处理分子数据的辅助工具）。
创建一个目录存放这些软件，并按照以下步骤进行安装：
1. 安装Open Babel，这是一个多格式化学转换工具。
2. 解压并安装Autodock Vina二进制文件。
3. 使用`python install.py`脚本安装MGLTools。
4. 修改vina.sh脚本设置环境变量以包含Autodock Vina和MGLTools的路径。
5. 预处理受体和配体分子，使用prepare_receptor4.py和prepare_ligand4.py脚本将其转化为Autodock Vina可读格式。
6. 使用配置文件conf.txt控制参数运行vina进行对接任务。
7. 输出结果通常为pdbqt格式，并可以进一步转换成其他格式如sdf以方便后续分析。
Slurm（Simple Linux Utility for Resource Management）是一种广泛使用的集群作业调度系统，特别适合高性能计算环境。安装和配置Slurm时，请先安装必要的库文件，包括munge服务进行安全身份验证。
启动munge服务并确保其正常运行后，再安装slurm-wlm、slurmd及slurmctld组件。
编写定义集群拓扑、资源分配策略等的`slurm.conf`文件，并根据实际硬件配置和需求调整。例如，指定节点名称、数量以及每个节点上的核心数、内存大小与网络设置。
完成这些步骤后启动Slurm服务：
1. 启动slurmctld（控制器）服务。
2. 启动slurmd（节点）服务。
至此，Autodock Vina和Slurm已安装并配置完毕，在Slurm调度系统上可以批量运行分子对接任务以有效利用集群计算资源，并提高研究效率。
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