陈正隆等人著《分子模拟的理论与实践》（2007年新版）PDF。

简介：
本书致力于阐明分子模拟的理论基础及其在实际应用中的重要性，旨在系统介绍分子模拟技巧的核心原理和其在各种体系中的运用。分子模拟通常建立在量子力学和经典力学这两种理论之上。本书主要聚焦于基于经典力学原理的模拟方法，并着重强调这些方法的实际应用价值。 首先，我们来定义和区分分子模拟的概念。分子模拟指的是通过计算机模拟对分子系统进行计算，从而深入研究其结构、动态变化以及相关的热力学特性的一种方法。这种模拟方法可以大致分为两大类：一种是基于量子力学的模拟策略，另一种则是依赖于经典力学的模拟方案。 其次，我们将详细探讨基于经典力学原理的模拟方法。这类方法涵盖了多种技术，包括分子力学（Molecular Mechanics，MM）、分子动力学模拟（Molecular Dynamics Simulation，MD）以及蒙特卡罗模拟（Monte Carlo Simulation，MC）等。 接下来，我们将深入了解“力场”的概念及其分类。力场本质上是描述分子间相互作用的数学模型，可以根据其适用范围进行细化分类为通用力场和特殊力场。通用力场能够应用于多种类型的分子系统，例如AMBER力和CHARMM力场等；而特殊力场则专门设计用于特定类型的分子系统，如CVFF 力场等。 随后,我们将重点介绍分子动力学模拟的原理及应用场景. 分子动力学模拟是一种用于研究分子系统动力学行为的方法, 能够有效分析其热力学性质、动态特征以及结构随时间的变化情况. 紧接着,我们将探讨蒙特卡罗模拟的原理和应用. 蒙特卡罗模拟是一种利用随机过程对分子系统进行建模的技术, 能够帮助我们研究该系统的热力学属性及动态行为. 此外,本书还将探讨分子模拟在多个领域的实际应用。具体而言, 它在材料科学领域可用于研究材料的结构、热力学性质和动态行为；在生物化学领域则可用于分析生物大分子的结构、热力学性质和动态行为；同时,它也为药物设计提供了重要的支持, 用于研究药物分子的结构、热力学性质和动态行为. 进一步地, 本书将展望分子模拟在材料科学与生物化学领域的未来发展前景, 并预测材料和生物大分子的潜在性质与行为. 最后, 我们将审视当前分子模拟面临的挑战以及未来的发展方向, 包括计算速度、精度和可靠性的提升等问题. 相信随着技术的不断进步, 分子模拟方法将持续推动材料科学和生物化学领域的发展.