
MDNetworkTools:一个用于从分子模拟中构建动态网络的Python软件包
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简介:
MDNetworkTools是一款专为科研人员设计的Python软件包,能够高效地从分子动力学模拟数据中提取并分析动态网络结构。
MDNetworkTools是一个集成的Python程序包,用于直接从分子动力学轨迹构建网络,并提供网络分析(包括社区检测和次优路径计算)及可视化功能。该工具的核心是多个Python模块:使用MDTraj处理轨迹和拓扑信息,利用Numba软件包通过jit编译方法加速网络生成算法的运行效率。目前,仅在网络生成方面受益于Numba的技术优势,未来版本可能会扩展至网络分析算法。
在安装并使用MDNetworkTools之前,请确保已安装以下必要的软件包:numpy、scipy、MDTraj和Numba以及Networkx。
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