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HDDM: 一个用于Python的模块,利用PyMC进行漂移扩散模型的层次贝叶斯参数估计

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简介:
HDDM是一款基于Python的工具包,采用PyMC框架实现对漂移扩散模型的层次贝叶斯参数估计。它为认知心理学研究提供了强大的统计分析手段。 介绍作者:Thomas V. Wiecki, Imri Sofer, Mads L.Pedersen, Michael J.Frank 版权声明:该文档已放置在公共领域。 许可协议:HDDM是根据BSD 2许可证发行的。 版本信息:0.7.8 目的说明:HDDM是一个用于漂移扩散模型(通过PyMC)进行分层贝叶斯参数估计的Python工具箱。此模型广泛应用于心理学和认知神经科学领域,以研究决策过程。有关如何入门的信息可以在文档中找到。 特征介绍: - 使用漂移扩散模型参数的分层贝叶斯估算方法。 - 能够同时对个体和群体级别的参数进行估算,并假设每个单独的主题是从总体分布中得出的样本。 - 相较于使用个别受试者最大可能性(如DMAT或fast-dm)的方法,当可用的数据量较小的时候,HDDM能够提供更加准确的估计结果。 - 经过优化以提高运行速度。

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客服
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  • HDDM: PythonPyMC
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    HDDM是一款基于Python的工具包,采用PyMC框架实现对漂移扩散模型的层次贝叶斯参数估计。它为认知心理学研究提供了强大的统计分析手段。 介绍作者:Thomas V. Wiecki, Imri Sofer, Mads L.Pedersen, Michael J.Frank 版权声明:该文档已放置在公共领域。 许可协议:HDDM是根据BSD 2许可证发行的。 版本信息:0.7.8 目的说明:HDDM是一个用于漂移扩散模型(通过PyMC)进行分层贝叶斯参数估计的Python工具箱。此模型广泛应用于心理学和认知神经科学领域,以研究决策过程。有关如何入门的信息可以在文档中找到。 特征介绍: - 使用漂移扩散模型参数的分层贝叶斯估算方法。 - 能够同时对个体和群体级别的参数进行估算,并假设每个单独的主题是从总体分布中得出的样本。 - 相较于使用个别受试者最大可能性(如DMAT或fast-dm)的方法,当可用的数据量较小的时候,HDDM能够提供更加准确的估计结果。 - 经过优化以提高运行速度。
  • 化应
    优质
    简介:本文探讨了非参数贝叶斯模型在多级结构中的应用,通过构建复杂的概率图模型,深入研究其在数据挖掘与机器学习领域的潜力。 层次化非参数贝叶斯模型方面有一篇非常经典的论文,内容详尽丰富,接近50页长。
  • Matlab代码-HMeta-d:
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    贝叶斯估计的Matlab代码-HMeta-d提供了一种基于层次元模型进行贝叶斯估计的方法。该工具箱适用于复杂数据结构下的参数估计,尤其在医学影像分析中表现出色。通过HMeta-d框架,用户能够利用先验知识有效提升模型预测准确性,并支持大规模数据分析需求。 贝叶斯估计matlab代码HMeta-d分层meta-d模型(HMeta-d)是由史蒂夫·弗莱明开发的MATLAB工具箱,在一个分层贝叶斯框架中实现了Maniscalco与Lau于2012年提出的meta-d模型。该工具箱结合了Matlab和JAGS,后者是一种用于任意贝叶斯模型进行MCMC推理的程序。提供了有关方法及在分层贝叶斯框架下估算meta-d的优势的信息。 为了更好地理解贝叶斯认知模型,请参考Lee与Wagenmakers所著《贝叶斯认知模型:实践课程》。该HMeta-d模型基于Michael Lee关于1类SDT参数的贝叶斯估计的工作成果,设计为用户无需编写大量代码即可直接使用,并且数据格式与Maniscalco和Lau工具箱一致,便于两者之间的切换比较。 需要注意的是,在运行MATLAB代码之前,请确保已安装JAGS(一种类似于BUGS的MCMC语言)。为了使该程序正常工作,您需要安装JAGS 3.4.0版本而非其他版本。
  • R语言开展基空间据分析
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    本研究运用R语言编程环境,结合贝叶斯统计方法和多层次建模技术,深入分析地理空间数据中的复杂模式与关系。通过这种方法,可以更准确地预测和理解不同尺度上的空间变异性和依赖性,为环境科学、公共卫生和社会学等多个领域提供有力的数据支持工具。 在本节中,我将重点介绍使用集成嵌套拉普拉斯近似方法的贝叶斯推理,并估计贝叶斯层次模型的后边缘分布。鉴于该方法适用于多种类型的模型,我们将重点关注用于分析晶格数据的空间模型。 为了展示如何与空间模型拟合,这里采用的是纽约北部地区的白血病病例数据集。这个数据集记录了1978年至1982年间普查区内的白血病病例数和一些人口统计信息: - Cases:该时期内发生的白血病案例数量。 - POP8:1980年的总人口数。 - PCTOWNHOME:拥有房屋的人口比例。 - PCTAGE65P:年龄在65岁及以上的人口比例。 - AVGIDIST:平均距离(具体含义需根据上下文确定)。
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  • R和WinBUGS分级实现
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    本研究探讨了如何运用统计软件R及WinBUGS来构建与分析贝叶斯分级模型,为复杂数据结构提供灵活且强大的建模方法。 共享有关R的资源:使用R和WinBUGS实现贝叶斯分级模型。欢迎下载使用。
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    本研究采用贝叶斯优化方法对SLIP(弹簧加载倒立摆)模型的参数进行优化,旨在提高模拟效率与准确性。通过构建高维参数空间内的概率模型,有效指导搜索过程,减少计算成本,适用于机器人动态平衡控制等领域。 弹簧加载倒立摆(SLIP)步态模型可以通过多个参数进行描述,例如弹簧刚度、机器人质量、着地角以及腿长。调整这些参数往往需要耗费大量时间,而贝叶斯优化则提供了一种寻找最佳步态参数的有效途径。用户可以设定系统的初始条件,然后通过贝叶斯优化来确定在给定的条件下最合适的弹簧刚度和落地角度。根据不同的初始设置,贝叶斯优化能够识别出多种步态模式,包括步行、跑步以及跳跃等不同类型的步态模式。关于更多详细信息,请参阅附件中的PDF文件。
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    本文章介绍了在MATLAB环境中进行贝叶斯参数估计的方法和应用,涵盖了先验分布的选择、后验计算及模型评估等核心概念。 参数估计函数 [mu, sigma] = Bayesian_parameter_est(train_patterns, train_targets, sigma) 用于根据训练数据和目标值进行贝叶斯参数估计。该函数接收三个输入:train_patterns(训练模式)、train_targets(训练目标)以及sigma(初始方差),并返回两个输出 mu 和 sigma,分别代表均值和标准差的估计结果。
  • Matlab中
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