
小分子与深度学习模型的完整评测文档及可执行项目代码
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简介:
由来自中国科学院上海药物研究所的通信作者郑明月博士撰写的SurfDock研究论文于《Nature Methods》期刊上,该研究论文于2024年11月27日正式发布。在文章中,SurfDock在多个基准测试中展现出色的性能,具体包括PDBbind 2020分段测试集、Astex Diverse基准集合以及PoseBasts基准集。通过融合多源蛋白质信息,包括表观特征、氨基酸骨架结构及经预先训练所得的序列级别特征,SurfDock构建了一个统一的表面积节点层次表达。该模型具备可调节松弛机制(结构优化功能),其主要作用是通过优化蛋白质-配体结合方式以提升预测精度。研究论文中描述了SurfDock在多个基准测试中的卓越表现,并详细探讨了其多模态信息整合能力,以及松弛机制对提高预测准确度的关键作用。我们的实验数据显示,模拟得到的单体构象结构具有较高的合理性,在结合模式上与理想晶体形态极为吻合。
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