MetaGEM: Snakemake Pipeline for Generating MAGs, GEM Reconstructions and Simulating Microbial Communities in Laboratory, Human Gut, Ocean, and Plant-Associated Environments...

简介：
MetaGEM是一个基于Snakemake的工作流程，用于生成高质量的宏基因组组装基因组（MAGs）和基因组重建生态系统（GEMs），并能模拟实验室、人体肠道、海洋及植物相关的微生物群落。 metaGEM：从宏基因组学数据预测微生物群落内部代谢相互作用的工作流程。 metaGEM整合了一系列现有的生物信息学及代谢建模工具，旨在预测细菌群落在微生物群落中的代谢互动。该工作流程首先从完整的元基因组测序数据集中重建元基因组组装的基因组（MAG），然后将其转换为基因组规模的代谢模型（GEM）。此过程用于模拟基于样本社区内的交叉喂养相互作用。 此外，metaGEM还提供了其他输出结果包括丰度估算、生物分类分配、增长率估算、全基因组分析以及真核MAG鉴定等信息。 快速开始：您只需一行代码即可启动使用metaGEM： ``` git clone https://github.com/franciscozorrilla/metaGEM.git && cd metaGEM && rm -r .git && bash env_setup.sh ``` 恭喜，现在您可以开始探索和利用metaGEM了。请查阅Wiki以获取更多详细信息。