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GCN-GraphSAGE-GAT

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简介:
本研究探讨了三种流行的图神经网络模型——GCN、GraphSAGE和GAT,在不同类型的图形数据集上的表现与特性。 图神经网络(Graph Neural Networks, GNN)是深度学习领域中的一个重要分支,专注于处理非结构化数据特别是图数据。这类数据广泛存在于社交网络、化学分子结构以及交通网络等多种场景中。GCN(Graph Convolutional Network)、GAT(Graph Attention Network)和 GraphSAGE 是 GNN 家族的三种主流模型,在节点分类、图分类及链接预测等任务上表现出色。 1. GCN (Graph Convolutional Network): 由 Kipf 和 Welling 在 2016 年提出的 GCN,是传统卷积神经网络(CNN)在处理图结构数据上的扩展。GCN 利用信息的邻居聚合过程进行多层传播,在每一轮中节点特征被其邻接节点的特征加权平均后通过非线性激活函数更新 (如 ReLU) 。公式表示为:Z = f(A, X, W),其中 A 是图的邻接矩阵,X 代表节点特征矩阵,W 则是权重矩阵。f 常用的是ReLU或其变体形式。GCN 的特点在于能够平滑节点特征以减少过拟合,并且易于实现和训练。 2. GAT (Graph Attention Network): GAT 是 Veličković 等人在 2017 年提出,它将自注意力机制引入图神经网络中。与 GCN 的均等加权不同,GAT 允许每个节点根据其邻居的重要性动态分配权重即为注意力系数。这使得 GAT 能更灵活地捕捉到节点间的关系,在处理节点度分布不均匀的图时尤为有效。 3. GraphSAGE: GraphSAGE 由 Hamilton 等人在 2017 年提出,旨在高效学习大规模图上的节点嵌入表示。与 GCN 和 GAT 不同的是,它并未在所有邻居节点上进行聚合操作,而是采用采样策略仅选取部分重要的邻居来进行特征更新以降低计算复杂度和内存需求。GraphSAGE 提供了三种采样方法:随机抽样、最近邻抽样以及归一化度数抽样,并可根据具体问题选择合适的策略。 这三种模型各有优势:GCN 以其简单性和有效性被广泛使用;GAT 则通过引入注意力机制提高了模型的表达能力;GraphSAGE 解决了在大规模图上训练效率的问题。实际应用中,根据任务需求和数据特性可以选择适合的单一模型或结合这些模型的优点进行改进与优化,例如可以将 GAT 的注意力机制用于选择重要的邻居节点,并采用 GraphSAGE 的采样策略以降低计算复杂性。

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  • GCN-GraphSAGE-GAT
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    本研究探讨了三种流行的图神经网络模型——GCN、GraphSAGE和GAT,在不同类型的图形数据集上的表现与特性。 图神经网络(Graph Neural Networks, GNN)是深度学习领域中的一个重要分支,专注于处理非结构化数据特别是图数据。这类数据广泛存在于社交网络、化学分子结构以及交通网络等多种场景中。GCN(Graph Convolutional Network)、GAT(Graph Attention Network)和 GraphSAGE 是 GNN 家族的三种主流模型,在节点分类、图分类及链接预测等任务上表现出色。 1. GCN (Graph Convolutional Network): 由 Kipf 和 Welling 在 2016 年提出的 GCN,是传统卷积神经网络(CNN)在处理图结构数据上的扩展。GCN 利用信息的邻居聚合过程进行多层传播,在每一轮中节点特征被其邻接节点的特征加权平均后通过非线性激活函数更新 (如 ReLU) 。公式表示为:Z = f(A, X, W),其中 A 是图的邻接矩阵,X 代表节点特征矩阵,W 则是权重矩阵。f 常用的是ReLU或其变体形式。GCN 的特点在于能够平滑节点特征以减少过拟合,并且易于实现和训练。 2. GAT (Graph Attention Network): GAT 是 Veličković 等人在 2017 年提出,它将自注意力机制引入图神经网络中。与 GCN 的均等加权不同,GAT 允许每个节点根据其邻居的重要性动态分配权重即为注意力系数。这使得 GAT 能更灵活地捕捉到节点间的关系,在处理节点度分布不均匀的图时尤为有效。 3. GraphSAGE: GraphSAGE 由 Hamilton 等人在 2017 年提出,旨在高效学习大规模图上的节点嵌入表示。与 GCN 和 GAT 不同的是,它并未在所有邻居节点上进行聚合操作,而是采用采样策略仅选取部分重要的邻居来进行特征更新以降低计算复杂度和内存需求。GraphSAGE 提供了三种采样方法:随机抽样、最近邻抽样以及归一化度数抽样,并可根据具体问题选择合适的策略。 这三种模型各有优势:GCN 以其简单性和有效性被广泛使用;GAT 则通过引入注意力机制提高了模型的表达能力;GraphSAGE 解决了在大规模图上训练效率的问题。实际应用中,根据任务需求和数据特性可以选择适合的单一模型或结合这些模型的优点进行改进与优化,例如可以将 GAT 的注意力机制用于选择重要的邻居节点,并采用 GraphSAGE 的采样策略以降低计算复杂性。
  • DGL基础实例,GCNGAT
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    本教程通过具体示例介绍如何使用DGL实现图卷积网络(GCN)和图注意力网络(GAT),帮助读者掌握基于消息传递机制的基本图神经网络模型构建技巧。 本压缩包聚焦于图神经网络(GNN)的学习资源及DGL(Dynamic Graph Library)的应用,涵盖了图卷积网络(GCN)与图注意力网络(GAT)。DGL是一个专为开发GNN模型而设计的高级库,兼容多种深度学习框架如PyTorch。以下是关于这些主题的具体内容: 1. **DGL简介**: DGL是一款跨平台且高性能的图神经网络库,旨在简化GNN模型的设计流程。它提供了丰富的图操作和内置优化策略,使研究人员能够更专注于算法设计而非底层实现。 2. **图神经网络(GNN)**: GNN是一种用于处理图形结构数据的深度学习方法,可以捕捉节点间的拓扑关系。通过在图上传播节点特征来学习表示,并应用于如节点分类、链接预测等任务中。 3. **图卷积网络(GCN)**: GCN是GNN的一个变种,其灵感源自于卷积神经网络的概念。它采用邻居信息聚合的方式更新节点的特征向量,这一过程被称为图卷积。在提供的材料中可能详细解释了GCN的数学原理和实现细节。 4. **图注意力网络(GAT)**: GAT将注意力机制引入到GNN模型之中,允许为不同的邻居分配不同权重。相关文件可能会展示如何使用DGL构建并训练一个GAT模型的具体代码实例。 5. **空手道俱乐部节点分类案例研究**: KarateClubDataset.py可能包含了加载经典社会网络分析示例——空手道俱乐部数据集的代码,其中每个节点代表一名成员而边表示他们之间的互动。gcn.py和gat.py文件可能会利用该数据集训练GCN及GAT模型进行节点分类实验。 6. **其他资源**: - DGL_Chinese_Manual-master:DGL的中文文档,提供详尽的学习资料。 - 简明DGL中文文档.docx:快速指南,概述了DGL的基础概念和使用方法。 - members.csv 和 interactions.csv:分别记录空手道俱乐部成员信息及其互动数据。 综上所述,此压缩包为用户提供了一个全面的DGL学习环境,涵盖了从理论到实践的各种层面。无论是初学者还是研究者都能从中受益匪浅,并能深入了解GNN的工作原理及如何运用DGL来构建和应用GCN与GAT模型。
  • 基于PyTorch的GCNGAT入门代码
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    本项目提供使用PyTorch实现的图卷积网络(GCN)与图注意力网络(GAT)的基础代码,适合初学者学习图神经网络的基本原理及应用。 在深度学习领域,图卷积网络(Graph Convolutional Networks, GCN)和图注意力网络(Graph Attention Networks, GAT)是处理图数据的重要工具。这两者都是图神经网络家族的成员,并广泛应用于社交网络分析、推荐系统、化学分子结构识别等多个场景中。本教程将通过PyTorch库,引导你入门GCN和GAT的实现。 ### 一、GCN简介 **1.1 图卷积的概念** GCN是由Kipf和Welling于2016年提出的一种基于图的深度学习模型,它借鉴了卷积神经网络的思想,并将这种操作应用到非欧几里得数据——即图上。通过传播节点特征并结合邻居节点的信息,GCN能够提取出更高级别的特征表示。 **1.2 GCN的数学表达** GCN的核心运算可以表示为对节点特征矩阵进行线性变换后,再使用邻接矩阵或拉普拉斯矩阵来传递信息的过程。在最简单的单层GCN中,这一过程可以用以下公式描述: \[ H^{(l+1)} = \sigma(\tilde{D}^{-\frac{1}{2}}\tilde{A}\tilde{D}^{-\frac{1}{2}}H^{(l)}W^{(l)}) \] 这里,\( H^{(l)} \) 表示第 \( l \) 层的节点特征矩阵;\( \tilde{A} \) 是邻接矩阵加上自环项得到的结果;\( W^{(l)} \) 代表权重矩阵;\(\sigma\) 则是激活函数。 ### 二、GAT简介 **2.1 图注意力机制** GAT引入了注意力机制到图神经网络中,允许模型根据节点的重要性来加权邻居节点的信息。相比GCN来说,这种能力使得GAT能够更好地捕捉不同节点之间的异质性特征。 **2.2 GAT的运算** 在计算过程中,GAT通过确定一对对节点间的注意系数,并用这些值来加权平均其邻接点的特征向量以得到更新后的表示。对于任意一个结点i来说,注意力权重通常依据以下公式进行计算: \[ e_{ij} = a(W_hh_i, W_hh_j) \] \[ \alpha_{ij} = \frac{\exp(e_{ij})}{\sum_{k\in N(i)} \exp(e_{ik})} \] 其中 \( h_i \) 和 \( h_j \) 分别表示节点i和j的特征向量;\( W_h\) 是线性变换权重矩阵;函数a通常采用LeakyReLU激活内积形式给出。最终,新的结点表示为: \[ h_i = \sigma\left(\sum_{j\in N(i)} \alpha_{ij}W_vh_j\right) \] 这里 \( a \) 表示注意力机制函数,\( W_v\) 则是另一个权重矩阵。 ### 三、PyTorch实现 在利用PyTorch来实现出这两种模型时,你需要完成以下步骤: 1. **构建图数据结构**:使用`torch_geometric`库创建图的数据结构,并包含节点特征和邻接矩阵等信息。 2. **定义模型**:根据GCN或GAT的数学表达式编写相应的前向传播函数。 3. **训练模型**:设置损失函数、优化器,然后进行反向传播更新参数值。 4. **评估模型性能**:在验证集上测试准确率等指标。 实际编程过程中可能会遇到图数据预处理、调整超参数以及并行计算等问题。这些问题的解决需要深入理解PyTorch和图神经网络的基本原理。 总结来说,GCN与GAT是用于处理图结构化数据的强大工具,并且通过使用PyTorch可以灵活地适应各种类型的建模需求。理解和掌握它们的工作机制对于在机器学习领域特别是图形计算方向上的研究工作是非常重要的。
  • GraphSAGE-master代码包.zip
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    GraphSAGE-master代码包包含了用于图神经网络(Graph Neural Network)中半监督学习任务的源码实现,适用于节点分类等应用场景。 GraphSAGE源代码可供参考学习。大多数现有的图嵌入方法在训练过程中需要所有节点参与其中,并且属于直推式(transductive)的学习方式,无法直接泛化到之前未曾见过的节点上。本段落提出了一种适用于大规模网络的归纳式模型——GraphSAGE,该模型能够为新增加的节点快速生成embedding,而无需进行额外的训练过程。 在训练过程中,GraphSAGE不仅生成所有节点的每个embedding,还训练一个聚合函数来通过从相邻节点中采样和收集特征信息从而产生这些embedding。本段落提出了一组aggregator函数用于从给定节点的邻近节点处聚集特征信息,并且每种aggregator函数会根据不同的搜索深度(hops)进行相应的信息汇集操作。
  • MATLAB精度验证代码-GCN: GCN
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    这段简介可以描述为:MATLAB精度验证代码-GCN提供了一套使用MATLAB进行图卷积网络(GCN)精度验证的代码资源。该工具箱旨在帮助研究人员和工程师们评估GCN模型在不同数据集上的性能表现,确保算法的有效性和准确性。 我们在研究中实施了图卷积网络(GCN)来预测自闭症谱系障碍(ASD),相较于之前的最佳模型,准确性提高了大约10%。我们还探讨了GCNC²P模型中的图卷积与图池化对邻接矩阵A和特征矩阵H的影响,并通过图表展示了这些影响的效果。 准备工作流程如下: 1. 准备数据:将ABIDE_fc.mat文件转换为csv格式,以便Python可以轻松读取。创建一个名为“FC_norm”的目录,在MatLab中运行converter.m脚本以完成转换。 2. 数据预处理与生成数据集: - 使用data.py脚本根据配置的路径(如DATA_dir、left_table_file、matrices_dir等)来生成包含训练、验证和测试集合的数据文件。这确保了在train.py多次执行过程中,每次运行所使用的分割都是相同的。 - 根据指定拆分的json文件(默认使用split_ids.json),数据集会被划分并存储为pickle格式。 以上步骤可以通过以下命令来实现: ``` python data.py ```
  • GraphSAGE-PyTorch:GraphSAGE的PyTorch实现软件包
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    简介:GraphSAGE-PyTorch是一款基于PyTorch框架的GraphSAGE算法实现库,适用于图神经网络中的节点分类任务。它提供了灵活高效的模型训练与预测功能。 GraphSAGE的PyTorch实现包含一个代码包,该代码包实现了GraphSAGE算法。作者:(此处省略)。环境设定如下: - Python版本:3.6.8 - PyTorch版本:1.0.0 基本用法及主要参数包括: - `--dataSet` 输入图数据集,默认值为cora。 - `--agg_func` 聚合函数,默认使用均值聚合器(Mean aggregater)。 - `--epochs` 训练轮数,默认设置为50。 - `--b_sz` 批量大小,默认设为20。 - `--seed` 随机种子,默认设置为824。 - `--unsup_loss` 无监督损失函数。
  • GCN/GAT模型所需数据预处理脚本如何使用以适应模型输入格式要求过程
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    简介:本文档详细介绍了如何准备和调整数据,以便于应用于基于PyTorch的图卷积网络(GCN)及图形注意力网络(GAT)模型。包括必要的数据预处理步骤和脚本示例,帮助用户顺利将原始数据转换为符合模型输入格式要求的数据集。 在图模型的数据预处理过程中使用的脚本适用于dgl、gcn和gat,采用的是相同的预处理步骤。
  • GCN预测实战代码-GCN预测实战代码
    优质
    本项目提供了一个基于图卷积网络(GCN)进行预测任务的实际操作代码。通过详细的注释和示例数据,帮助用户快速理解和实现GCN模型在特定问题上的应用。适合机器学习与深度学习的研究者及实践者参考使用。 GCN预测-实战代码
  • 基于PyTorch的图卷积网络(包括GCNGAT、Chebnet)在交通流量预测中的应用(附完整源码及数据)
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    本研究利用PyTorch框架下的三种图卷积模型(GCN,GAT,ChebNet),探索它们在交通流量预测的应用价值,并提供详尽的代码和数据集供参考学习。 图卷积网络(GCN、GAT、Chebnet)在交通流量预测中的PyTorch实现 ### 依赖库: - Pytorch - Numpy - Pandas - Matplotlib ### 数据集实例: 这些数据由加州交通局性能测量系统(PEMS-04)收集。 - 检测器数量:307个 - 特征包括:流量、占用率和速度。 #### 探测数据分析: 1. 有三个特征,分别是流量、占有率和速度。首先对数据分布进行可视化分析。 2. 运行代码文件 `data_view.py` 来查看数据的分布情况。 3. 每个节点(检测器)具有三个特征属性,但其中两个特征的数据变化不大,因此我们只选取第一个维度的流量作为主要预测依据。 #### 读取数据集: 在`traffic_dataset.py` 文件中提供了 `get_adjacent_matrix` 和 `get_flow_data` 函数来分别读取相邻矩阵和流量数据。 ### 模型训练: 模型训练相关代码位于文件 `traffic_predi` 中。
  • GAT-Win32 日志查看工具
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    GAT-Win32日志查看工具是一款专为Windows系统设计的日志分析软件,能够高效便捷地浏览和解析各类应用与系统的日志文件。 在Windows系统上查看日志的工具需要安装32位的JDK环境。有时候设备连接后驱动程序正常但无法显示设备,这可能是由于ADB被占用导致的问题。可以参考相关教程解决此问题;如果无效,在命令提示符中输入`adb devices`,会看到一个“killing”的信息,然后问题就解决了。