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PyTorch 1.1 (NoduleNet: 解耦假阳性的肺结节检测与分割工具).rar

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简介:
本资源为PyTorch 1.1版本下的NoduleNet工具包,专门用于医学影像中肺结节的检测和分割,有效减少假阳性结果,提升诊断准确性。 《PyTorch 1.1在NoduleNet中的应用:肺结节检测与分割的假阳性减少策略》 作为一款强大的深度学习框架,PyTorch受到了众多开发者及研究人员的喜爱。在这个项目中,我们着重探讨了如何利用PyTorch 1.1版本来优化肺部CT图像中的结节识别和分割任务,并特别关注于通过NoduleNet模型降低误报率以提高诊断准确性。 为了确保项目的顺利进行,我们需要设置合适的软件环境:Python的3.6或更新版本是基本要求(虽然2.7也可以使用),并且需要安装CUDA 9.0或者更高版本以及对应的PyTorch 1.1库来支持GPU加速。完成这些准备工作后,我们就可以开始构建和训练NoduleNet模型了。 设计上,NoodleNet采用了分离策略处理结节检测与分割任务:首先通过基于CNN的架构(如Faster R-CNN或YOLO)识别出潜在的肺部异常区域;随后利用U-Net或其他全卷积网络进行像素级别的精细划分。这种拆分方式有助于提高模型精度,因为它允许针对每个特定的任务单独优化。 在训练阶段,为了减少假阳性结果的发生,NoodleNet采用了一系列策略:严格的阈值设定用于筛选预测输出、增加负样本权重以平衡数据集中的正负比例以及引入注意力机制来突出真实的结节特征。此外,通过实施诸如旋转、缩放和翻转等图像变换的数据增强技术也能够帮助模型更好地泛化到各种形态的肺部异常区域。 评估NoodleNet时常用的标准包括灵敏度、特异性、准确率及召回率等指标,它们有助于全面衡量该模型在识别与分割任务上的表现,并据此进行进一步优化调整。 综上所述,基于PyTorch 1.1开发的NoduleNet展现了深度学习技术在医学影像分析中的巨大潜力,特别是在早期发现肺结节方面。通过合理的架构设计和训练策略的应用,我们可以有效减少误报率、提升诊断可靠性并为临床决策提供强有力的支持。尽管如此,在模型解释性增强、小尺寸结节检测能力提高以及实际医疗环境部署等方面仍存在挑战需要克服,持续的研究与改进将进一步推动该领域的发展。

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    本资源为PyTorch 1.1版本下的NoduleNet工具包,专门用于医学影像中肺结节的检测和分割,有效减少假阳性结果,提升诊断准确性。 《PyTorch 1.1在NoduleNet中的应用:肺结节检测与分割的假阳性减少策略》 作为一款强大的深度学习框架,PyTorch受到了众多开发者及研究人员的喜爱。在这个项目中,我们着重探讨了如何利用PyTorch 1.1版本来优化肺部CT图像中的结节识别和分割任务,并特别关注于通过NoduleNet模型降低误报率以提高诊断准确性。 为了确保项目的顺利进行,我们需要设置合适的软件环境:Python的3.6或更新版本是基本要求(虽然2.7也可以使用),并且需要安装CUDA 9.0或者更高版本以及对应的PyTorch 1.1库来支持GPU加速。完成这些准备工作后,我们就可以开始构建和训练NoduleNet模型了。 设计上,NoodleNet采用了分离策略处理结节检测与分割任务:首先通过基于CNN的架构(如Faster R-CNN或YOLO)识别出潜在的肺部异常区域;随后利用U-Net或其他全卷积网络进行像素级别的精细划分。这种拆分方式有助于提高模型精度,因为它允许针对每个特定的任务单独优化。 在训练阶段,为了减少假阳性结果的发生,NoodleNet采用了一系列策略:严格的阈值设定用于筛选预测输出、增加负样本权重以平衡数据集中的正负比例以及引入注意力机制来突出真实的结节特征。此外,通过实施诸如旋转、缩放和翻转等图像变换的数据增强技术也能够帮助模型更好地泛化到各种形态的肺部异常区域。 评估NoodleNet时常用的标准包括灵敏度、特异性、准确率及召回率等指标,它们有助于全面衡量该模型在识别与分割任务上的表现,并据此进行进一步优化调整。 综上所述,基于PyTorch 1.1开发的NoduleNet展现了深度学习技术在医学影像分析中的巨大潜力,特别是在早期发现肺结节方面。通过合理的架构设计和训练策略的应用,我们可以有效减少误报率、提升诊断可靠性并为临床决策提供强有力的支持。尽管如此,在模型解释性增强、小尺寸结节检测能力提高以及实际医疗环境部署等方面仍存在挑战需要克服,持续的研究与改进将进一步推动该领域的发展。
  • PyTorch类网络(剔除).zip
    优质
    本资源提供了使用PyTorch构建和训练用于医学影像分析的深度学习模型代码,专注于区分真实肺结节与伪影,以减少假阳性的出现。 使用PyTorch搭建分类网络,针对Luna16数据集生成的疑似肺结节进行分类,实现假阳性剔除。其样本集保存为.Mat的形式(包含数据与类别),固定大小为24*40*40。需要注意的是,原始getMat.py和traindataset.py文件存在错误(含有bug)。详情可参考相关博客文章中的说明。
  • CT影像方法研究_孙申申.zip
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    本研究探讨了肺结节在CT影像中的检测与精确分割技术,旨在提高早期肺癌诊断的准确性和效率。作者孙申申在此领域进行了深入探索和创新性实践。 关于肺结节的一些入门参考文献以及数字图像处理的入门资料。
  • CT图像
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    本项目专注于研发用于肺部结节早期诊断的计算机断层扫描(CT)图像分析技术。通过先进的算法和机器学习方法,旨在提高肺结节识别的准确性和效率,助力临床医生进行精准医疗决策,从而有效提升患者治疗效果及生活质量。 该论文以幻灯片形式详细介绍了肺结节检测与表示的整个过程,并附有相关结果图像。
  • CT影像研究进展
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    本文综述了近年来在肺结节CT影像分割领域取得的重要研究进展,探讨了多种先进的图像处理技术和机器学习方法的应用及其效果。 准确地分割肺结节在临床实践中非常重要。计算机断层扫描(CT)技术由于其快速成像能力和高图像分辨率等特点,在肺结节的分割及功能评估中得到了广泛应用。为了进一步研究基于CT影像的肺部结节分割方法,本段落对相关领域的研究成果进行了综述。
  • 基于PyTorch医学影像析系统——用于3D-CT影像
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    本项目开发了一个基于PyTorch框架的医学影像分析系统,专注于自动检测3D-CT影像中的肺部结节。 Python 2.7.15 和 PyTorch 1.0.0 的数据预处理分为两个阶段:step1 和 step2。 在第一步中,主要进行去噪、坐标转换、统一分辨率、提取感兴趣区域(ROI)和标签等操作。最终输出不是切片形式的数据,而是准备过程中的中间3D图像结果(各个图片的尺寸可能不同)。这些步骤可以在 `./work/preprocess` 目录下通过运行 `python prepare.py` 来生成相应的文件。 第二阶段包括从数据中裁剪出3D-patch、挖掘困难负样本、进行数据增强和拼接等操作。此外,测试阶段还需要对输入的数据进行切割并合并结果。需要注意的是,在训练和测试过程中使用的patch大小是不同的:训练时为(None,1,128,128,128),而测试时则为(None,1,208,208,208)。 在第一阶段预处理完成后,生成的文件包括 `name_clean.npy` 和 `name_label.npy`。第二阶段的数据准备直接封装到了 DataBowl3Detector 类中,并且该类会使用 step1 产生的中间结果进行进一步的操作。输入 stage1 的 numpy 文件为 name_clean.npy 和 name_label.npy;而输入到 stage2 的 numpy 文件则分别为 name_pbb.npy 和 name_lbb.npy。 这两个阶段的预处理过程是交替执行的,以确保数据能够顺利地从准备阶段过渡到训练和测试阶段。
  • 用于CT扫描图像特征提取-Matlab代码(NoduleX_code)
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    NoduleX_code 是一款利用Matlab开发的工具包,专注于从CT扫描中自动识别并分析肺部结节,通过精确分割和特征提取来评估其恶性风险。 图像分割提取特征的MATLAB代码是论文“使用CT扫描预测肺结节恶性程度的高精度模型”的辅助代码。指示在克隆或下载此存储库后,将相关文件提取到data目录中。这里包含的许多脚本都有几个可用的命令行选项。可以通过运行脚本并使用--help选项查看用法列表。 要求Python版本为2.7,并且需要安装NoduleX_python_requirements.txt需求文件中列出的所有Python软件包。您可以使用以下方法安装它们:pip install -r NoduleX_python_requirements.txt,建议设置虚拟环境。 QIF特征提取需要使用Octave(测试版为4.2.0)或MATLAB(对帮助程序脚本进行了一些修改,请参见QIF_extraction/README.md)。假定运行的系统是POSIX兼容系统(如Linux、MacOS或Windows下的LinuxShell),给出的许多脚本都是用Bash shell语法编写的。 针对验证数据,可以使用keras_CNN/keras_evaluate.py脚本来运行CNN模型,并提供正确的模型文件。
  • 利用PyTorch进行类和项目实现-附带运行代码及
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    本项目运用PyTorch框架实施肺部结节的分类与精确分割,详细阐述了技术流程并提供完整代码及其深入解析。 本段落详细介绍了一个使用PyTorch框架和Unet-3D模型进行肺结节分类与分割的深度学习项目。该项目涵盖了数据处理、模型构建、训练及推理的全过程,并利用Luna16或LIDC-IDRI数据集,通过数据加载、预处理、增强以及划分等步骤准备所需的数据。所采用的模型为Unet-3D结构,适用于医学影像分析。 适合人群:具有一定的深度学习基础并对医学影像分析感兴趣的开发者和研究人员。 使用场景及目标: 1. 对肺结节进行准确分类与分割; 2. 为医学影像分析提供有效的辅助工具。 其他说明:项目代码完整可运行,数据处理以及模型训练过程详细记录,便于复现并进一步优化。
  • LIDCCT数据
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    LIDC肺结节CT数据工具包是一款专为医学研究设计的数据集,包含大量标记了肺部结节信息的计算机断层扫描图像,旨在辅助科研人员进行肺癌早期检测技术的研发。 LIDC数据集工具包用于提取LIDC数据集中包含的注解文档,并在DICOM数据中识别肺结节病灶。