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MPI中All_gather的并行实现

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简介:
本文探讨了在消息传递接口(MPI)环境中实现All_gather通信原语的有效并行算法。通过优化数据分布和减少通信延迟,提高了大规模分布式计算中的数据汇聚效率。 全局收集(Allgather)群集通信函数MPI_Allgather() 中的 Allgather 操作相当于每个进程都作为 root 进程执行一次 Gather 调用,即每一个进程都会按照 Gather 的方式从所有进程(包括自己)收集数据。

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  • MPIAll_gather
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    本文探讨了在消息传递接口(MPI)环境中实现All_gather通信原语的有效并行算法。通过优化数据分布和减少通信延迟,提高了大规模分布式计算中的数据汇聚效率。 全局收集(Allgather)群集通信函数MPI_Allgather() 中的 Allgather 操作相当于每个进程都作为 root 进程执行一次 Gather 调用,即每一个进程都会按照 Gather 的方式从所有进程(包括自己)收集数据。
  • SpmvMPIMPI+CUDA方法
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    本文探讨了稀疏矩阵向量乘法(SPMV)在高性能计算中的MPI和MPI+CUDA混合编程技术,并分析了它们的性能特征。 Spmv的串行和CPU、GPU并行性能测试demo展示了如何评估不同计算架构下的稀疏矩阵向量乘法操作效率。这种测试对于优化高性能计算应用至关重要,能够帮助开发者了解在不同的硬件平台上实现spmv算法的最佳实践方法。通过比较串行执行与多核CPU及图形处理器(GPU)的并行处理能力,可以揭示各种技术方案的优势和局限性,从而指导更高效的软件设计和技术选择。
  • MPI生命游戏
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    《MPI并行实现的生命游戏》一文探讨了如何利用消息传递接口(MPI)技术优化经典生命游戏的计算效率与可扩展性,详述了其在高性能计算环境中的应用。 在C语言基础上使用MPI进行并行实现的生命游戏,在运行环境中采用VS和MPICH2。
  • MPI_逻辑回归:C++基于MPI
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    本项目为C++环境下利用MPI技术对逻辑回归算法进行的并行化实现,旨在提升大规模数据集上的训练效率与模型预测速度。 使用 MPI 进行数据并行化可以加快计算速度。然而,在 LogisticRegression::local_evaluate 中以错误的方式计算的梯度为什么仍然能取得较好的效果(AUC 约为 0.79)?
  • MPI矩阵乘法 运算
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    本项目探索了利用消息传递接口(MPI)进行大规模矩阵乘法计算的有效并行化策略,旨在优化高性能计算环境下的数据处理效率。 在Linux环境下成功实现了矩阵乘法的MPI并行运算,并使用mpicc进行编译生成可执行文件,通过mpirun命令运行程序。
  • 基于MPI快速排序
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    本研究探讨了在MPI框架下快速排序算法的高效并行化策略,旨在提高大规模数据集上的处理速度和资源利用率。 利用MPI实现快速排序的并行算法,并用C语言进行编程。
  • 基于MPIKNN算法1
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    本研究探讨了在分布式内存计算环境中采用消息传递接口(MPI)技术对经典的K近邻(K-Nearest Neighbors, KNN)算法进行高效并行化的方法,旨在提高大规模数据集上的分类和回归任务的处理速度与效率。通过优化通信模式及负载均衡策略,我们提出了一种创新性方案以显著减少计算时间,同时保持模型精度不变。 # 基于MPI的并行KNN算法实现 ## 引言 在并行计算领域广泛应用的通信协议是MPI(Message Passing Interface),它为开发分布式内存并行程序提供了一套标准接口。本段落档将介绍如何利用C++和MPI来实现K-Nearest Neighbor (KNN) 算法的并行化版本。 ## 一、KNN算法 ### 1.1 距离度量 计算实例之间的相似性是KNN算法的核心,常用的距离度量包括曼哈顿距离和欧式距离: - **曼哈顿距离**:( d = sum_{i=1}^{n} |x_i - y_i| ) - **欧式距离**:( d = sqrt{sum_{i=1}^{n} (x_i - y_i)^2} ) ### 1.2 k值的选择 k值是KNN算法的重要参数,表示考虑的最近邻的数量。合适的k值可以通过交叉验证等方法选择,一般取较小的整数值。 ### 1.3 分类决策规则 KNN算法采用多数表决原则,即新实例的类别由其k个最近邻中出现最多的类别决定。 ## 二、MPI ### 2.1 MPI简介 提供一组可移植编程接口的是MPI,它支持进程间通信。这使得并行程序可以在不同计算节点上协同工作。通常包含以下关键函数: - **初始化**:`MPI_Init` - **结束**:`MPI_Finalize` - 获取当前进程ID的函数是 `MPI_Comm_rank` - `MPI_Comm_size` 函数获取的是进程组中的进程总数。 - 将消息从一个根进程发送到所有其他进程中去使用的函数为 `MPI_Bcast` - 分散数据,将一个大数组分发给各个进程的函数为 `MPI_Scatter` - 收集数据,并将各个进程的数据合并成一个大数组的是` MPI_Gather` ## 三、基于MPI的并行KNN算法 ### 3.1 算法流程 1. **读取训练和测试数据**。 2. **归一化处理特征值**,确保不同特征在同一尺度上。 3. KNN: - 使用`MPI_Scatter`将训练集分散到各进程。 - 每个进程计算其部分训练集与测试实例的距离。 - 利用 `MPI_Gather` 收集所有进程的计算结果。 - 在主进程中找到k个最近邻并进行分类决策。 4. **汇总预测结果**。 ### 3.2 函数及变量 - **全局函数和变量**:用于数据处理和通信,如读取数据、距离计算等。 - 关键变量包括进程ID(myid)和进程总数(numprocs)等。 ### 3.3 算法运行 - 设置参数,例如k值以及数据集路径。 - 注意事项是确保MPI环境正确配置,并避免由于不均匀的数据分割导致性能下降。 - 运行方法是在Windows环境下通过命令行指定MPI编译器和程序。 ## 四、实验 ### 4.1 数据集 描述了特征数量,类别及实例数等信息的参数。 ### 4.2 实验结果 - **算法准确率**:评估预测准确性。 - **运行时间**:对比并行与非并行版本的效率。
  • 基于MPIPSRS排序算法
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    本研究提出了一种基于MPI的PSRS(Pair-Sample Recursive Sorting)并行排序算法实现方法,有效提高了大规模数据集上的排序性能。 使用MPI计算的完整的PSRS(并行排序)代码适用于并行计算课程实验。
  • 利用MPIJacobi迭代计算
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    本研究探讨了使用MPI(消息传递接口)在分布式内存架构中实施Jacobi迭代法,以解决大型线性方程组问题。通过优化算法和负载均衡策略,显著提升了大规模科学计算中的性能与效率。 基于MPI的并行计算实现Jacobi迭代涉及将传统的Jacobi迭代方法通过消息传递接口(MPI)进行并行化处理,以提高大规模矩阵求解问题中的计算效率和速度。这种方法特别适用于需要大量计算资源的问题场景中,能够显著减少计算时间,并且易于在分布式系统上部署与扩展。
  • MATLAB——MATLAB MPI
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    并行的MATLAB——MATLAB MPI是一本指导读者如何利用MPI(消息传递接口)实现MATLAB并行计算的书籍。书中详细介绍了如何通过MPI在MATLAB中构建高效、可扩展的并行应用程序,帮助科研人员和工程师解决大规模数据处理和复杂模型仿真问题。 并行计算是现代科学计算领域中的重要技术,它允许我们利用多核处理器或分布式计算资源来加速复杂的计算任务。在MATLAB中实现并行计算的一个常见方式是使用MATLABMPI(Message Passing Interface)工具箱,这个工具箱是由麻省理工学院林肯实验室开发的,目的是将MPI的功能与MATLAB的易用性相结合,使得用户能够在熟悉的MATLAB环境中进行并行编程。 MATLABMPI工具箱主要基于MPI标准,这是一个广泛用于高性能计算领域的接口。它定义了一组通信原语,如发送、接收、广播和收集等,使进程之间可以相互通信和协调工作。通过这个工具箱,MATLAB用户能够编写并行程序,并充分利用多核处理器或集群资源来提升计算效率。 在MATLABMPI中,你可以使用以下关键功能: 1. **并行启动与管理**:利用`parcluster`函数创建并管理MPI集群,这可以是本地的多核计算机或者远程计算节点。通过`startLabCluster`函数启动林肯实验室特定配置下的集群,并用`startCluster`支持更通用的集群配置。 2. **并行工作区**:使多个MATLAB进程能够共享数据。使用`parpool`创建一个并行计算的工作池,每个进程中都有自己的MATLAB工作空间,但可以通过消息传递来交换数据。 3. **并行函数**:提供了一系列内置函数的并行版本,例如`parfor`(它是串行循环`for`的并行版本),可以将任务分配给多个进程执行。还有同步不同进程代码段的`spmd`块,确保所有进程在同一时间运行相同的命令。 4. **MPI通信原语**:MATLABMPI暴露了如发送和接收等低级通信操作的功能。这些函数用于实现点对点消息传递、广播和集合通信等功能。 5. **并行数组与分布式数组**:提供并行数组及分布式数组的概念,方便在并行计算环境中处理大数据集。使用`distribute`将数据分散到工作池中的进程,并通过`gather`和`allgather`函数收集回主进程的数据。 6. **异步任务执行**:利用如`parfeval`这样的函数可以启动不阻塞主线程的计算任务,从而提高程序效率,特别是在处理大量独立的任务时尤为有效。 7. **并行错误处理机制**:提供了一个类似于串行编程中`try-catch`结构的方法来捕获和解决在并行环境中出现的问题。 8. **调试工具支持**:尽管与串行程序相比,并行程序的调试更为复杂,但MATLAB提供了如当遇到问题时暂停执行的功能(例如使用`dbstop in parfor if error`命令),这有助于简化并行代码的调试过程。 学习和利用MATLABMPI需要理解进程间通信、负载均衡及数据分布等基本概念。此外,为了使程序充分发挥其潜力,在编写代码以适应并行环境时还需要注意避免不必要的数据传输与减少通信开销,并有效使用计算资源。 总之,MATLABMPI为用户提供了进入并行计算领域的便捷途径,它结合了MATLAB的高级编程功能和MPI的强大性能特性,是科研及工程应用中进行大规模并行运算的有效工具。