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PM_DICOT基因组的MAKER2注释: 四个基因组的研究

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简介：
本研究采用MAKER2工具对四个不同PM_DICOT植物基因组进行深入注释分析，旨在揭示这些物种独特的遗传信息与进化关系。 MAKER2_PM_genome_annotation 使用 MAKER2 对四个 DICOT PM 基因组参考进行注释的软件与数据： **软件先决条件：** - RepeatModeler（版本 1.0.4），包括所有依赖项，如 NCBI BLAST。 - RepeatMasker（版本 4.0.5）和 RepBase（使用的是2015年8月7日版）。 - MAKER 版本 2.31.9 或其他任何版本 2 发行版均可。 - Augustus 版本 3.3 - BUSCO 版本 3 - SNAP - BEDtools（版本为2.24.0） **原始数据/资源：** 1. 基因组支架文件： - > Genome.fa: 使用 CLCbio 从头组装的参考基因组。 - 脱氨修饰 = 是 - 脱氨限制 = 2 - 质量修剪 = 是 - 质量限

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  • PM_DICOT基因组的MAKER2注释: 四个基因组的研究
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    本研究采用MAKER2工具对四个不同PM_DICOT植物基因组进行深入注释分析，旨在揭示这些物种独特的遗传信息与进化关系。 MAKER2_PM_genome_annotation 使用 MAKER2 对四个 DICOT PM 基因组参考进行注释的软件与数据： **软件先决条件：** - RepeatModeler（版本 1.0.4），包括所有依赖项，如 NCBI BLAST。 - RepeatMasker（版本 4.0.5）和 RepBase（使用的是2015年8月7日版）。 - MAKER 版本 2.31.9 或其他任何版本 2 发行版均可。 - Augustus 版本 3.3 - BUSCO 版本 3 - SNAP - BEDtools（版本为2.24.0） **原始数据/资源：** 1. 基因组支架文件： - > Genome.fa: 使用 CLCbio 从头组装的参考基因组。 - 脱氨修饰 = 是 - 脱氨限制 = 2 - 质量修剪 = 是 - 质量限
     
  • 关于光合作用的基因及基因组研究
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    本项目聚焦于探索植物中参与光合作用的关键基因及其在基因组中的作用机制，旨在深入理解光合作用的遗传基础，并为作物改良提供理论依据。 与光合作用相关的基因及其编码产物如下： - rbcL：1,5-二磷酸核酮糖羧化酶（Rubisco）的大亚基，数量为1。 - psaA、psaB：光系统I的作用中心蛋白，共2个基因。 - psb：光系统II的类囊体蛋白，共有7种。 - pet：细胞色素b6/f复合物相关基因，共计3种。 - atp：ATP酶相关的基因有6种。 - psbA：光系统II中的32kD类囊体蛋白（也称为光反应基因），数量为1。
     
  • Prokka：高效的原核基因组注释工具
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    Prokka是一款用于快速、高效地对原核生物基因组进行自动注释的软件工具。它能够迅速处理大规模数据集，并提供高质量的功能预测和分类信息，是生物信息学研究中的重要资源。 全基因组注释是指识别一组基因组DNA序列中的重要特征，并用有用的信息对其进行标记的过程。Prokka是一种软件工具，可以快速注释细菌、古细菌和病毒的基因组，并生成符合标准的输出文件。 安装Bioconda时，请使用以下命令： ``` conda install -c conda-forge -c bioconda -c defaults prokka ``` 如果您使用的是Homebrew或Docker，则分别执行以下命令进行安装： 对于Homebrew，您可以运行： ``` brew install brewsci/bio/prokka ``` 对于Docker，请先拉取最新镜像： ``` docker pull staphb/prokka:latest ``` 然后创建并启动容器实例查看帮助信息： ``` docker run staphb/prokka:latest prokka -h ``` 使用Singularity时，可以构建Prokka的sif文件如下所示： ```shell singularity build prokka.sif docker://staphb/prokka:latest ```
     
  • Funannotate：真核基因组的注释工具管道
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    Funannotate是一款专为真核生物基因组设计的全面基因预测和功能注释软件套件。它整合了多种算法与数据库资源，提供从头预测、RNA-seq辅助转录本构建及细致的功能描述等功能，助力研究人员深入解析复杂真核基因组信息。 funannotate 是一个用于基因组注释的管道工具，特别为真菌设计但也可适用于高级真核生物。有关安装、使用及更多信息，请参考快速启动Docker的相关指导。 您可以利用funannotate在Docker环境中运行该软件。需要注意的是，GeneMark组件并未包含在这个Docker镜像中（这是由于许可问题导致难以分发和使用）。此外，我还编写了一个bash脚本，这个脚本能自动检测并绑定正确的用户/卷以运行docker映像。 此Docker镜像是基于master分支的最新代码构建而成，因此它比标记版本更早。该镜像包含了所需的所有数据库；如果您希望在没有这些数据库的情况下进行注释工作，则可以使用名为nextgenusfs/funannotate-slim 的轻量级镜像。 综上所述，您可以通过以下方式来实现上述流程： # 下载/拉取相关资源
     
  • VIGOR3：开源病毒基因组注释工具
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    简介：VIGOR3是一款先进的开源软件工具，专门用于自动化病毒基因组的功能注释和分析。它能够处理大量数据，提供准确、高效的基因预测及功能分类，助力病毒学研究的深入发展。 VIGOR 是一款用于识别病毒基因组编码基因的工具。它由 Jeff Hoover 和 Wang Shiliang 为 JCVI 传染病基因组测序中心（GSCID）开发。相关研究详情请参阅文献：http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2105-11-451.pdf
     
  • Augustus: 基因组注释及AUGUSTUS应用程序
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    Augustus是一款强大的基因预测软件，用于真核生物的基因组注释。它能够准确地识别和定位基因，并提供用户友好的图形界面和命令行工具，方便研究人员进行深度分析。 AUGUSTUS是一种用于在一个或多个基因组中查找基因及其结构的程序。对于Windows用户来说，可以使用Linux的Windows子系统（WSL）完全按照针对Linux的说明来安装AUGUSTUS，并介绍了如何为该软件在WSL上进行设置。 目前支持的操作系统版本包括Ubuntu 18.04或更高版本。 此安装方法仅提供不具有比较基因预测功能的基本单基因组版。可以通过以下命令行安装： ``` sudo apt install augustus augustus-data augustus-doc ``` 若要获取最新的完整版本，可从GitHub克隆存储库： ``` git clone https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus.git ``` 或者下载并解压缩AUGUSTUS源程序包： ``` tar -xzf augustus.current.tar.gz ```
     
  • MEGAN宏基因组注释与可视化的入门指南
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    简介：本指南旨在为初学者提供关于如何进行宏基因组数据的注释和可视化操作的基本知识与实践技巧。通过学习，读者能够掌握使用Megan软件对大规模测序数据集进行全面分析的方法，从而更好地理解微生物群落结构及其功能潜力。 文章目录 MEGAN-宏基因组功能和物种分类 MEGAN功能简介 原理简要示意图 MEGAN特有文件格式：RMAM MEGAN下载 MEGAN使用 （Linux版本安装） MEGAN使用指南（Linux） 提取注释内容（物种和功能）: 提取物种注释数据: 提取功能: Win版安装和使用 MEGAN安装Win版使用指南 MEGAN主界面介绍 MEGAN输入介绍 MEGAN分析进阶 双样本比对 MEGAN界面可视化-两样本（.rma）比对 物种信息可视化 功能信息可视化 数据导出 MEGAN多个样本分析方案 猜你喜欢 写在后面
     
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  • SPAdes: 基因组组装工具
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  • kSNP: 开源工具用于全基因组SNP发现与注释
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