MATLAB微分方程代码-PseudoDynamics：单细胞RNA-seq时间序列的动态建模

简介：
PseudoDynamics是用于MATLAB的开源工具箱，专注于通过构建和模拟动力学模型来分析单细胞RNA测序的时间序列数据。 该存储库包含了在手稿“超越伪时间：从单细胞RNAseq时间序列学习种群动态”中介绍的所有应用案例中的示例代码，这些案例使用了伪动力学方法。安装指南指出，伪动力学并不是一个需要独立安装的软件包，而是一组Matlab脚本，在每个应用案例中都需要在Matlab会话中进行调整和调用。伪动力学依赖于AMICI和PESTO的功能来模拟偏微分方程（PDE）系统，并执行参数估计。这两个工具箱都是第三方提供的接口/工具包，需要安装它们才能使伪动力学正常工作，请参考相应的Github存储库上的安装说明。 该存储库中提供了用于执行伪动力学模型参数估计的脚本和所有示例的工作流程。这些例子包括： - 克莱因（Klein）：数据来自克莱因等人2015年的研究，涉及小鼠胚胎干细胞体外分化过程中的单细胞RNA-seq。 - Maehr：基于Kernfeld等人2018年及Fischer等人的研究成果，涵盖胸腺T细胞成熟过程中采集的单细胞RNA-seq数据。 此外还包含了一个介绍性示例。