SPM8安装及fMRI预处理流程

简介：
简介：本文详细介绍了SPM8软件的安装步骤以及如何使用它进行功能性磁共振成像（fMRI）的数据预处理，包括数据格式转换、头动校正、空间标准化和平滑等关键环节。 ### SPM8安装与FMRI预处理流程 #### SPM8的安装及运行 1. **SPM8的安装步骤**： - 打开MATLAB软件，通过点击`File`菜单下的`Set Path`选项进入设置界面。 - 在弹出的`Set Path`窗口中，点击`Add Folder`，定位到SPM8所在的文件夹，并确认添加。 - 添加完成后，点击`Save`保存设置并关闭窗口即可完成安装。 - 验证安装是否成功：在MATLAB的命令行界面输入`spm`，如果能够正常启动SPM8软件，则表明安装成功。 2. **卸载旧版本SPM**： - 如果之前已安装了如SPM5等旧版软件，需要先将其卸载以避免冲突。 - 卸载步骤类似：打开MATLAB，在菜单栏中点击`File`-> `Set Path`，在弹出的窗口中的路径列表里找到要删除的版本（例如SPM5），选中后点击`Remove`按钮移除旧版软件。最后保存设置并关闭窗口。 #### 数据准备 数据准备可以分为两种方式：一种是将原始数据转换为`.img + .hdr`格式；另一种则是将其转换成`.nii`格式。 1. **转换为.img + .hdr 格式**： - 将原始的数据从光盘复制到硬盘（例如D:rawdata），确保路径和文件夹名使用英文。 - 打开MATLAB，启动SPM8软件。 - 使用`DICOM Import`功能导入全部的原始数据。 - 导入时选择合适的目录保存转换后的图像，并确认设置完成格式变换。对于存在多个Session的情况，则可能需要多次进行转换或利用SPM8提供的批处理工具。 2. **转换为.nii 格式**： - 步骤与`.img + .hdr`的类似，但在此过程中应选择输出文件类型为“Single file (nii) NIfTI”。 - 在批量转化时可以根据需要设定不同的目录结构分类方式（例如按研究日期或患者ID等）。 #### 数据处理流程 1. **Slice Timing 时间层校正**： - Slice Timing是FMRI预处理的一个关键步骤，用于修正每个volume中各slice获取时间上的差异。 - 在SPM8中的执行步骤如下：启动MATLAB -> SPM8 -> fMRI。选择`Slice Timing`选项进行相应操作。 #### 进一步的数据预处理 除了上述的时间层校正之外，FMRI数据的进一步预处理可能包括以下步骤： - **Motion Correction**：用于修正扫描过程中由于被试者头部移动导致的图像位移。 - **Normalization**：将个体的功能图象标准化到标准模板空间中，以便于后续分析比较。 - **Smoothing**：通过对图像进行平滑处理来降低噪声水平并提高信噪比。 - **General Linear Model (GLM)**：构建统计模型，并对实验设计进行建模以估计激活模式。 #### 结论 本段落介绍了SPM8的安装步骤、卸载旧版本的方法以及FMRI数据预处理中的两个关键步骤——数据格式转换和时间层校正的具体操作流程。这些内容对于初次接触FMRI数据分析的研究人员来说非常实用，通过上述步骤可以确保正确导入并初步处理数据，为进一步统计分析奠定基础。