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基于注意力的BiLSTM-CRF模型在中文临床实体识别中的应用

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简介:
本研究提出了一种结合注意力机制的双向长短期记忆网络与条件随机场(BiLSTM-CRF)模型,专门用于提升中文临床文本中医学实体的自动识别精度和效率。 基于注意力机制的BiLSTM-CRF模型在中文门诊病历文本命名实体识别中的应用研究

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  • BiLSTM-CRF
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    本研究提出了一种结合注意力机制的双向长短期记忆网络与条件随机场(BiLSTM-CRF)模型,专门用于提升中文临床文本中医学实体的自动识别精度和效率。 基于注意力机制的BiLSTM-CRF模型在中文门诊病历文本命名实体识别中的应用研究
  • CLUENER2020:PyTorchBiLSTM-BERT-Roberta(+CRF命名
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    本研究利用PyTorch框架开发了一种结合BiLSTM、BERT和RoBERTa预训练模型,并引入条件随机场(CRF)优化技术,显著提升了命名实体识别任务的精度与效率。 Chinese NER Project 是 CLUENER2020 任务 baseline 的代码实现。模型包括 BiLSTM-CRF、BERT-base 加上 softmax/CRF/BiLSTM+CRF,以及 Roberta 加上 softmax/CRF/BiLSTM+CRF。项目中 BERT-base-X 部分的编写思路参考了特定的文章。 本项目的实验数据来源于一个中文细粒度命名实体识别数据集,该数据集基于清华大学开源的文本分类数据集 THUCNEWS,并对部分数据进行了细粒度标注。此数据集包含训练、验证和测试三个子集,大小分别为 10748、1343 和 1345;平均句子长度为 37.4 字符,最长句子则有 50 字。 由于 CLUENER2020 的测试集不直接提供,并考虑到 leaderboard 上提交次数有限制,本项目使用了CLUENER2020的验证集作为评估模型表现的测试集。CLUENER2020 共包含10个类别。
  • BERT-BiLSTM-CRF框架
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    本研究采用BERT-BiLSTM-CRF模型进行中文实体识别,通过结合预训练语言模型与序列标注技术,有效提升了实体识别准确率和效率。 命名实体识别是自然语言处理中的关键技术之一。基于深度学习的方法已被广泛应用于中文实体识别的研究当中。然而,大多数深度学习模型的预处理主要关注词和字符特征的抽取,却忽视了词上下文语义信息的重要性,导致这些模型无法充分表征一词多义的现象。因此,目前的实体识别性能还有待进一步提升。 为了应对这一挑战,本段落提出了一种基于BERT-BiLSTM-CRF框架的研究方法。首先利用BERT模型生成包含丰富上下文信息的词向量;然后将得到的词向量输入到BiLSTM-CRF模型中进行训练处理。实验结果表明,在MSRA语料库和人民日报语料库上,该研究方法都取得了相当不错的效果,F1值分别达到了94.65%和95.67%,显示出了良好的性能表现。
  • BERT+BiLSTM+CRF命名
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    本研究提出了一种结合BERT、BiLSTM和CRF模型的中文命名实体识别方法,有效提升了NER任务中的精度与召回率。 基于BERT+BiLSTM+CRF的中文命名实体识别(使用PyTorch实现)的基本环境为:Python 3.8、PyTorch 1.7.1 + cu110 和 pytorch-crf 0.7.2。
  • BiLSTM-CRF电子病历命名
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    本研究采用BiLSTM-CRF模型对中文电子病历进行命名实体识别,旨在提高医疗数据处理效率与准确性。 在医疗信息化领域,中文电子病历(Electronic Medical Records, EMR)的处理是一项关键任务。EMR包含了大量的患者健康信息,如疾病诊断、治疗方案及药物使用等,这些信息对于临床决策支持、疾病预测以及医学研究具有重要意义。命名实体识别(Named Entity Recognition, NER),作为自然语言处理领域中的核心任务之一,旨在从文本中提取出特定意义的实体,例如人名、地名和组织名称等。在医疗应用方面,NER的主要目标是识别疾病、症状、药品及实验室检查等医学术语。 **BiLSTM-CRF模型详解** 本项目采用双向长短期记忆网络(Bidirectional Long Short-Term Memory, BiLSTM)结合条件随机场(Conditional Random Field, CRF),用于实现中文电子病历的命名实体识别。BiLSTM是一种深度学习结构,能够捕捉序列数据中的前向和后向上下文信息,在理解文本语义关系方面尤为有效。CRF则为一种统计建模方法,适用于解决序列标注问题,它考虑整个序列的标签概率而非孤立地分析每个元素,从而能更准确预测实体边界。 **BiLSTM的工作原理** BiLSTM由两个反向运行的长短期记忆网络组成,分别处理输入数据流的方向信息。在每一时间点上,一个LSTM单元会更新其隐藏状态,并决定是否将这些历史信息传递到下一个时刻。通过同时考虑前后的上下文环境,BiLSTM能更好地理解句子中实体之间的关系。 **CRF的应用** 对于NER任务而言,CRF通常作为输出层使用,在此模型预测的每个位置标签为状态的基础上形成完整的序列标注结果。转移概率由训练数据学习得出,并确保整个序列的一致性。相比直接预测各点标签的方法(如softmax),CRF通过全局优化来提升序列标注准确性。 **训练与优化** 在模型训练阶段,使用反向传播算法更新权重以最小化真实和预测标签之间的损失函数差距。常用的损失函数包括交叉熵及负对数似然等,在应用过程中需注意防止过拟合问题,并采取适当的正则化策略(如L1或L2)以及提前停止技巧进行优化。此外,选择合适的优化器也很关键,例如随机梯度下降(SGD)和Adam。 **数据预处理与评估指标** 在实施模型前需要对原始文本资料做一系列预处理工作:词法分析、实体标注及转换成适合输入形式的数据格式等步骤。鉴于中文环境的特殊性,在使用分词工具如jieba进行词语切分后,还需设定合适的评价标准来检验NER效果的好坏——通常采用精确率(Precision)、召回率(Recall)和F1值作为主要指标。 **实际应用与挑战** 尽管BiLSTM-CRF模型在许多命名实体识别任务中表现出色,但在处理中文电子病历时仍面临诸多难题:如词汇歧义、术语变化多端及文档结构复杂等。为应对上述问题,可能需要引入医学知识图谱或预训练语言模型(例如BERT)来增强算法性能,并考虑采用半监督学习或者弱监督方法进一步改进。 基于BiLSTM-CRF的中文电子病历命名实体识别技术是医疗信息处理的重要工具之一,它结合了深度学习和统计机器学习的优势,在从复杂的医学记录中提取有价值的信息方面表现出色。这有助于推动整个医疗行业的智能化进程。
  • Python简易BiLSTM-CRF命名TensorFlow)
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    本项目利用Python及TensorFlow框架,实现了一个简单的BiLSTM-CRF模型,专门针对中文文本进行命名实体识别任务。 一个非常简单的 BiLSTM-CRF 模型用于中文命名实体识别(使用 TensorFlow 实现)。
  • KerasBiLSTM-CNN-CRF本标NER
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    本研究采用基于Keras框架的BiLSTM-CNN-CRF模型,针对自然语言处理任务中的命名实体识别(NER)进行优化与实现,显著提升了文本标注精度。 直接看代码吧: ```python import keras from sklearn.model_selection import train_test_split import tensorflow as tf from keras.callbacks import ModelCheckpoint, Callback # from keras.backend import K # 原文中注释掉了这部分,保持不变。 from keras.layers import * from keras.models import Model from keras.optimizers import SGD, RMSprop, Adagrad ```
  • KerasBiLSTM-CNN-CRF本标NER
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    本研究提出了一种结合BiLSTM、CNN和CRF技术的深度学习框架,利用Keras平台优化了命名实体识别(NER)任务,显著提升了文本标注精度。 本段落主要介绍了使用Keras实现BiLSTM+CNN+CRF进行文字标记NER的方法,具有很好的参考价值,希望能对大家有所帮助。
  • PyTorchBERT-BiLSTM-CRF命名
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    本研究利用PyTorch框架开发了一种结合BERT、BiLSTM和CRF模型的系统,专门针对中文文本进行高效的命名实体识别,提升了实体边界检测与分类精度。 依赖:python==3.6(可选)、pytorch==1.6.0(可选)、pytorch-crf==0.7.2、transformers==4.5.0、numpy==1.22.4、packaging==21.3 温馨提示:新增了转换为onnx并进行推理的功能,具体内容在convert_onnx下,使用命令python convert_onnx.py执行。仅支持对单条数据的推理。在CPU环境下,原本的推理时间为0.714256477355957秒,转换后为0.4593505859375秒。需要安装onnxruntime和onnx库。 注意:原本的pytorch-crf不能转换为onnx,在这里使用了替代方案。目前只测试了bert_crf模型,其他模型可根据需求自行调整。 问题汇总: ValueError: setting an array element with a sequence. The requested array has an inhomogeneous shape after 1 dimensions. 解决方法:pip install numpy==1.22.4 packaging.ver
  • PyTorch和BiLSTM-CRF命名
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    本研究利用PyTorch框架开发了一种基于BiLSTM-CRF模型的系统,专门针对中文文本进行高效的命名实体识别,提升了对复杂句子结构的理解能力。 基于PyTorch+BiLSTM_CRF的中文命名实体识别 文件结构说明: - checkpoints:模型保存的位置 - data:数据位置 - |-- cnews:数据集名称 - | |-- raw_data:原始数据存储位置 - | `-- final_data:标签、词汇表等信息存储位置 - logs:日志存储位置 - utils:辅助函数存放位置,包括解码、评价指标设置、随机种子设定和日志配置等功能 文件列表: - config.py:配置文件 - dataset.py:数据转换为PyTorch的DataSet格式 - main.py:主运行程序 - main.sh:运行命令脚本 - models.py:模型定义 - process.py:预处理,包括数据处理并转换成DataSet格式 运行命令示例: ``` python main.py --data_dir=data/cnews/final_data --log_dir=logs --output_dir=checkpoints --num_tags=33 --seed=123 --gpu_ids=0 --max_seq_len=128 ```