
利用MATLAB代码,实现BIRWMDA算法,该算法融合多个生物网络以有效预测miRNA与疾病之间的关联。
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简介:
该代码集用于融合多个生物网络,旨在实现对miRNA-疾病关联数据的有效预测。可从以下链接获取该数据融合MATLAB代码:通过BIRWMDA算法推断与疾病相关的microRNA。为了利用该工具,只需运行名为“BIRWMDA_predict.m”的程序即可生成结果。 提供的相关数据集包括:疾病语义相似度矩阵1.txt(383×383),疾病语义相似度矩阵2.txt(383×383),microRNA功能相似性矩阵.txt(495×495),以及已知的microRNA-疾病关联数据 knowndiseasemirnainteraction.txt (5430*2)。此外,还提供了疾病名称列表 Disease Name.xlsx 和 microRNA名称列表 miRNAname.xlsx。程序包含以下模块:BIRWMDA_predict.m (运行程序的主界面),高斯相似度计算模块 .m,核相似度SNF.m,用于融合多种生物信息网络 BIRWMDA.m,随机行走microRNA和疾病相似性网络 Rank.m,以及 Write_file.m 用于将结果写入 Excel 文件。 操作环境方面,需要具备相应的软件环境支持。
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