
bam2fastq:简易的BAM转FASTQ工具
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简介:
Bam2Fastq是一款简便实用的工具,专为生物信息学设计,能够高效地将BAM格式文件转换成FASTQ格式,便于后续的序列分析工作。
bam2fastq 是一个从BAM文件提取序列和质量的程序。该程序最初由Phillip Dexheimer在HudsonAlpha开发,并且打包在github上,后来Jared Simpson对其进行了小幅修改以处理含有成对读取与不成对读写混合到标准输出(stdout)的BAM文件。
安装bam2fastq需要make、gcc和zlib压缩库。这些工具通常可以在大多数类Unix系统(包括Mac)中找到。
首先从github克隆存储库,包含其依赖项:
```
git clone --recursive https://github.com/jts/bam2fastq
```
然后进入目录并运行以下命令安装程序:
```
cd bam2fastq
make
```
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