
根据Formula值查找相应的INCHIKEY,并获得对应的HMDB ID和通用名称
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简介:
本项目旨在通过特定的计算公式(Formula)检索化合物的INCHIKEY,进而获取其在人类代谢数据库(HMDB)中的唯一标识符(HMDB ID)及常用名称。
在IT领域特别是生物信息学与化学信息学中,数据处理及分析至关重要。本项目的核心在于“匹配Formula值对应的INCHIKEY,获取对应HMDB ID以及Common Name”,并运用爬虫技术进行数据抓取。
首先解释几个概念:Formula值通常指化合物的分子式,例如水(H2O)表示每个分子由两个氢原子和一个氧原子组成。INCHIKEY是一种标准化字符串,用于唯一标识化学物质,并简化了基于InChI算法生成的数据处理方式,在计算机中便于比较与交换。
HMDB数据库则收录了大量人类代谢物的信息,包括结构、来源及生理功能等细节内容;而HMDB ID是每种代谢物的独一无二识别码。通过Formula或INCHIKEY查找特定化学物质在人体内的信息有助于药物研发和疾病研究等领域的发展。
Common Name指的是化合物日常使用的名称,如葡萄糖或乙醇,在科研中需要转换成标准术语以便准确性和一致性。
项目描述中的“文件夹下多文件自动匹配”意味着存在一个自动化脚本(可能用Python编写),遍历多个文件并查找其中的Formula值对应的INCHIKEY及HMDB ID和Common Name,提高了数据处理效率且减少了人为错误的可能性。此外,“爬虫技术”用于从网络数据库中抓取所需信息,并构建或更新本地数据库。
综上所述,项目涵盖了化学信息标准化表示、生物信息库使用、自动化脚本编程以及网站数据采集等IT领域知识,在化学和数据分析行业具有广泛应用价值。
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