scATACseq分析笔记：我的学习记录

简介：
本笔记汇集了个人在研究单细胞基因组学中scATAC-seq技术的学习心得与实践经验，旨在分享探索表观遗传调控机制的心路历程。 scATAC-seq分析笔记参考了Jean、Kamil和Fan的研究成果。如今，科学家们越来越需要特殊的方法来限制工具在特定神经元亚群中的表达。@AllenInstitute的一项惊人研究使用了scATAC-seq和scRNA-seq技术，以发现比驱动基因更特异的增强子。 关于ATAC序列质量控制协议中片段长度分布的部分：构建成功的ATAC文库需要Tn5转座酶在DNA末端进行一次正确的切割。在无核小体覆盖区域（即开放染色质），许多Tn5分子可以插入并使DNA分裂成较小的片段；而在被核小体占据的地方，只有少数Tn5能够进入接头区域。因此，在正常的ATAC-seq文库中，您应当看到两个明显的峰：一个在100bp以下（表示开放染色质），另一个大约200bp左右（代表单个核小体）。其他较大的峰值可能出现在多核小体周围，并且这些较大片段的对齐可能会导致一些伪影问题。例如，在处理正向读取和反向读取时，由于它们的方向性，可能导致某些技术上的误判。