
IsoSeq: IsoSeq3——从单分子PacBio读取中实现异构体从头发现的可扩展工具
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简介:
IsoSeq3是一款针对长读测序数据设计的强大软件工具,能够高效地处理和分析来自PacBio平台的大规模单分子数据集,用于全面识别和解析复杂的转录组异构体。
IsoSeq v3 包含了用于识别PacBio单分子测序数据中的转录本的最新工具,并从SMRT Link v6.0.0版本开始支持基于IsoSeq GUI的分析应用程序。现有工具与新集群技术结合,能够处理性能不断提升的PacBio机器,其效果类似于前两个版本(1和2)。自3.4版起,该软件增加了对UMI及单元条形码重复数据删除的支持。用户可以通过bioconda软件包isoseq3安装最新版本。
在SMRT Link 10.0.0 版本中,通过添加tag和dedup功能来支持基于UMI和单元条形码的处理,并且还增加了refine --min-rq选项以支持未过滤的
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