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run_dbcan: 使用任何组装的有机体（原核生物、真菌、植物、动物、病毒）的基因组和蛋白质组进行Run_dbcan V2...

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简介：
Run_dbcan是一款用于分析各种生物基因组与蛋白质组数据的强大工具，支持从原核生物到高等真核生物乃至病毒等各类有机体的数据库构建与功能挖掘。 run_dbcan是一个独立工具，由黄乐在NKU的张实验室进行改写；V1版本则由NIU的Yin实验室的Tanner Yohe编写。为了更新至v2.0.11，请使用pip install run-dbcan==2.0.11命令，并将EC号预测添加到hotpep结果中。2020年4月21日，dbCAN2 Hotpep PPR模式已升级为最新版本的CAZyDB（2019）。目前还缺少一些家庭组的EC#文件；此外，在hotpep输出名称文件中进行了修改以随机数形式呈现，从而增强程序在并行运行时的稳定性。对于CGC-Finder准备gff输入文件时，优先考虑CAZyme预测而非TF/TC/STP预测。重写了安装步骤，并建议用户使用特定Python版本创建自定义虚拟环境。修复了tf-2.hmm中的重复ACC问题以确保与最新的hmmer（3.3）兼容；去除了针对hmmer的版本限制。

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  • run_dbcan: 使用任何组装的有机体（原核生物、真菌、植物、动物、病毒）的基因组和蛋白质组进行Run_dbcan V2...
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    Run_dbcan是一款用于分析各种生物基因组与蛋白质组数据的强大工具，支持从原核生物到高等真核生物乃至病毒等各类有机体的数据库构建与功能挖掘。 run_dbcan是一个独立工具，由黄乐在NKU的张实验室进行改写；V1版本则由NIU的Yin实验室的Tanner Yohe编写。为了更新至v2.0.11，请使用pip install run-dbcan==2.0.11命令，并将EC号预测添加到hotpep结果中。2020年4月21日，dbCAN2 Hotpep PPR模式已升级为最新版本的CAZyDB（2019）。目前还缺少一些家庭组的EC#文件；此外，在hotpep输出名称文件中进行了修改以随机数形式呈现，从而增强程序在并行运行时的稳定性。对于CGC-Finder准备gff输入文件时，优先考虑CAZyme预测而非TF/TC/STP预测。重写了安装步骤，并建议用户使用特定Python版本创建自定义虚拟环境。修复了tf-2.hmm中的重复ACC问题以确保与最新的hmmer（3.3）兼容；去除了针对hmmer的版本限制。
  • 运行_run_dbcan_V2: 使用任意组装的有机体（包括原核生物、真菌、植物、动物和病毒）的基因组和蛋白质组元数据...
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    run_dbCAN_V2是一个全面的工具，用于分析来自各种生命形式的基因组和蛋白质组数据，涵盖从细菌到病毒的所有类型。它能有效识别CAZymes并提供详细的注释信息。 run_dbcan是一个独立的工具，由黄乐在NKU张实验室改写；V1版本则由NIU Yin实验室的Tanner Yohe编写。要更新至v2.0.11，请使用pip install run-dbcan==2.0.11命令，并将EC号预测添加到hotpep结果中；2020年4月21日，dbCAN2 Hotpep PPR模式已升级至最新版本的CAZyDB（2019）。此外，还需补充缺少的家族组EC#文件。同时修改了hotpep中的输出名称为随机数以增强程序在并行运行时的稳定性。当准备CGC-Finder所需的gff输入文件时，请优先考虑使用CAZyme预测而非TF/TC/STP预测结果。 重写安装步骤，建议用户创建自定义虚拟环境（选择特定Python版本）。此外，修复了tf-2.hmm中的重复ACC问题以适应最新的hmmer(3.3)。同时移除了对hmmer的版本限制。
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