Plate-scATAC-seq：一种快捷高效的板式单细胞ATAC测序技术

简介：
Plate-scATAC-seq是一种创新性的单细胞染色质可及性分析技术，采用平板处理方式大幅提升了实验效率与通量，适用于大规模单细胞表观遗传学研究。 快速而强大的基于板的单细胞ATAC-seq（scATAC-seq）方法：此处的存储库仅为了复制对原始数据的分析。 现在，我们有了蛇形制作管道的一个更新版本，专门用于处理数据。它具有更灵活的设置，并且输出模仿了10x Genomics格式，可以将其直接放入各种下游scATAC-seq数据分析包中。 这种方法的意义何在？引用荷兰计算机科学家的话来说：简单性是可靠性的前提。 用法（两个阶段：数据处理+数据分析）： 1. 数据处理（从fastq到数据质量信息和计数矩阵） 所有步骤均使用相应目录中的Snakefile执行。要开始工作流程，请下载ArrayExpress的fastq文件，并将它们放在mSp_scATAC-seq/rep{1..11}/fastq/ 和 other_cells_methods/*/fastq 目录下。