PGGB：泛基因组图构建工具

简介：
PGGB是一款专为研究人员设计的软件工具，用于高效地构建和分析复杂生物体的泛基因组图谱。该工具能够整合来自不同个体的遗传信息，揭示物种多样性，并支持个性化医学研究及作物改良等应用领域。 GG泛基因组图构建器通过将序列集合渲染到变异图模型中的pangenome图来建立全景基因组结构。其目标是创建一个局部有向无环图，并保持大规模的多样性，这对解释、可视化及重用整个基因组变异图至关重要。 该过程分为三个阶段： 1. **对齐**：此步骤使用概率mash-map映射器（如edyeet和wfmash），它们首先通过mashmap获得近似映射，然后进一步细化以得出精确的比对。这两个工具的基本级算法不同：edyeet基于特定方法进行映射，而wfmash则采用不同的策略。这些工具会将输入中的所有基因组片段与其它片段进行比较，并设定一个最大序列差异水平来构建全基因组图。 2. **图形归纳**：从比对中推导出全景基因组图。这一过程在内存有效的磁盘支持下，通过隐式的间隔树结构建立图的表示形式。然后，基于输入序列中的碱基传递闭合计算结果，在图中标记路径以重构原始数据信息。