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使用VASP提交脚本作业的方式.mp4

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简介：
本视频教程详细介绍了如何利用VASP软件进行材料模拟计算时编写和提交作业脚本的方法与技巧。适合初学者快速上手。 本视频主要讲解如何使用脚本方式提交VASP作业，欢迎下载学习！ VASP简介： VASP是Vienna Ab-initio Simulation Package的缩写。 它是维也纳大学Hafner小组开发的一款用于电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟的软件包。作为材料科学与物质研究领域中流行的商用软件之一，它被广泛应用于相关领域的科学研究之中。

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  • 使用VASP提交脚本作业的方式.mp4
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  • Gromacs脚本提交作业方法.mp4
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    本视频教程详细介绍了如何使用Gromacs软件通过编写和提交脚本来自动化模拟任务的过程，适合需要进行大量分子动力学计算的研究人员学习参考。 本视频主要讲解如何使用Gromacs脚本提交作业，欢迎大家下载学习。 GROMACS简介： GROMACS是一个用于研究生物分子体系的分子动力学程序包，具有更强大的计算功能。
     
  • ScriptsForVASP：利用 Bash 和 Python 脚本简化多 VASP 模拟任务的准备工作、提交与分析
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    ScriptsForVASP 是一个集成 Bash 和 Python 的工具包，旨在通过自动化脚本减少处理多个 VASP 计算的工作量，涵盖任务准备、提交及数据分析等环节。 VASP脚本使用Bash 和 Python简化多个 VASP 模拟作业的准备、提交和分析。 由于该项目的工作流性质较为特定，它可能对大多数 VASP 用户没有太大用处。 既然已经达到了满足我个人研究需求的程度，我将不再主动维护这个项目，并且也不会更新文档了。 然而，为了使一些常用功能更易于使用，如绘图、拟合以及POSCAR操作等，我已经从该项目中提取这些部分并重新组织成一个名为的Python包。这可能会对你有所帮助，请查看。 介绍 进行 VASP 计算的方法多样。与流行的 Pythonic 方法不同的是，这个项目采用了一种较为传统的方式：提供一组用 Bash 编写的脚本，并伴随有在相同目录中的 Python 脚本使用文件名称和输入参数时需小心谨慎；用户需要将此单个目录添加到他们的 PATH 环境变量中以直接访问这些脚本。这种方法与ASE采用的方案有所不同，但仍然提供了一种有效的管理多个VASP作业的方法。
     
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    简介：VASP SCF脚本用于自动化执行VASP自洽场计算，通过设定电子结构迭代参数来高效求解Kohn-Sham方程，适用于材料科学中的第一性原理模拟。 脚本可以自动将vasp的INCAR文件内容调整为scf计算参数，并自动提交任务。
     
  • 使用Python3的subprocess模块与脚本进行交互式操作
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    本文介绍了如何利用Python 3的subprocess模块实现与外部脚本的交互式操作，包括命令执行、输入输出处理等技巧。 因工作需要，需实现相关功能。查阅网上博客及资料后发现大多数内容都是针对Python 2的，并且很多地方解释不够清晰明确，因此决定整理并重新撰写一篇关于该主题的文章。 预备知识： 1. Python 3中的默认字符串类型 在Python 2.x版本中，同时支持ASCII和Unicode字符串，默认情况下使用的是ASCII编码。而在Python 3版本里情况发生了变化：现在默认的字符串类型是Unicode，而原来的ASCII字符串则被定义为bytes类型。Bytes数据结构包含字节值，并且它不再被视为一个普通的字符串，因为它的本质是一个不可变的字节数组。 这说明了在从Python 2迁移到Python 3的过程中，对于如何处理和理解不同类型的字符串会有显著的变化。
     
  • Vasp定压计算脚本vaspeqstress.sh使用指南1
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    简介：本文档提供了一份详尽的指导，帮助用户掌握如何利用vaspeqstress.sh脚本进行VASP定压计算。通过一系列实用步骤和示例，旨在简化复杂材料科学模拟任务的操作流程。 VASP定压计算脚本vaspeqstress.sh使用教程基于广义胡克定律的原理，通过读取VASP输出的OUTCAR文件获取当前体系所受外压矩阵，并对其进行调整优化以实现定压计算的目标。 首先介绍vaspeqstress.sh脚本的工作机制：它根据广义胡克定律工作。该脚本从OUTCAR文件中提取出当前的压力矩阵，然后与设定的目标压力进行比较和修正，得到新的应力增量Mad。接下来通过公式Mnew = (E + Mad * P) * Mold计算施加应变后的POSCAR的新应变矩阵Mnew（其中E为材料的杨氏模量、P是阻尼系数）。重复上述步骤直至当前外压与目标外压之间的差异满足收敛标准。 使用该脚本时，需要执行以下操作： 1. 将vaspeqstress.sh复制到工作目录。 2. 修改脚本中的参数（如Setpress设定的目标压力值、presscirt应力差的收敛条件等）以适应具体需求。 3. 执行修改后的脚本。每一步生成的新POSCAR文件将被命名为poscar.*，并且可以在pressure.all中查看各步的压力变化情况来判断是否达到预期的收敛标准。 使用时还需注意以下几点： - VASP计算中的压力正值代表压应力；通常情况下VASP在处理压应力方面存在一些问题。 - 建议分阶段进行优化：初期不启用原子弛豫，待初次调整成功后再逐步放松限制条件继续后续迭代。 总结来说，vaspeqstress.sh脚本提供了一种简便的方法来执行定压计算，并有助于提高使用VASP软件时的效率和准确性。
     
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    本作业为超算入门课程中的互动图形项目，旨在通过实践操作帮助学生掌握超级计算机的基本使用方法与编程技巧。 作业提交：交互式图形作业test@node69:~/mpiblast-test> bsub –Ip xclock Job <819> 被提交到队列。 参数说明: - Ip 需要伪终端的交互方式支持图形功能。 所有用户命令都支持： - h 打印使用信息至标准错误 - V 打印LSF版本号至标准错误 一般情况下，btop和bbot命令仅允许给LSF管理员使用。避免在LSF主服务器上运行大范围搜索的bhist命令，因为该命令可能会占用大量内存和CPU资源。bswitch命令对于将大批量作业重定向到备用队列非常有用。
     
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