
Umitoole是一个用于处理包含唯一分子标识符(UMI)的测序数据的工具集合。
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简介:
该工具集专门设计用于处理包含唯一分子标识符(UMI)的测序数据。为了成功安装此工具集,您需要确保已安装 Python 3 环境。 要进行 umitools 的安装,请在命令行中执行 `pip3 install umitools`;如果希望将工具安装到您的用户目录,请添加 `--user` 参数。 关于如何处理 UMI 小 RNA 序列数据,请参考以下步骤:首先,如果存在相关数据,请直接跳至下一步骤。接下来,您需要下载测试数据集,可以使用 `wget -O clipped.fq.gz https://github.com/weng-lab/umitools/raw/master/umitools/testdata/umitools.test.sRNA-seq.fq.gz ` 命令完成下载。 随后,利用 umitools 的 `reformat_sra_fastq` 工具进行 UMI 的识别和格式化过程:执行命令 `umitools reformat_sra_fastq -i clipped.fq.gz -o sra.umi.fq -d sra.dup.fq` 以完成这一步。
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