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GATK HaplotypeCaller SNP调用自动化流程

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简介:
简介:本流程采用GATK HaplotypeCaller工具实现SNP(单核苷酸多态性)自动化的识别与调用,适用于高通量测序数据的精准分析。 使用GATK进行SNP Calling的自动化流程基于GATK3.3以上版本的HaplotypeCaller标准流程。测试脚本以sra文件为初始输入,处理该目录内所有sra文件(视为同一样本的数据),生成GVCF文件,之后用户可以自行进行联合调用。

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  • GATK HaplotypeCaller SNP
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    简介:本流程采用GATK HaplotypeCaller工具实现SNP(单核苷酸多态性)自动化的识别与调用,适用于高通量测序数据的精准分析。 使用GATK进行SNP Calling的自动化流程基于GATK3.3以上版本的HaplotypeCaller标准流程。测试脚本以sra文件为初始输入,处理该目录内所有sra文件(视为同一样本的数据),生成GVCF文件,之后用户可以自行进行联合调用。
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