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MAESTRO:单细胞转录组与规则组分析工具管道

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简介:
Maestro是一款专为单细胞转录组和表观基因组数据分析设计的高效软件管道,旨在简化复杂的数据处理流程,加速科学发现。 MAESTRO(Single-Cell Analysis Ecosystem for T-cell RNA and ATAC Sequencing)是一个综合的单细胞RNA-seq和ATAC-seq分析平台,内置了多种工具和软件包以创建一个集成管道。该系统能够从原始测序数据(fastq文件)开始进行比对、质量控制、细胞过滤、归一化、无监督聚类、差异表达等操作,并支持scRNA-seq协议及scATAC-seq协议的峰调用、细胞类型注释和转录调控分析。 更新记录: v1.0.0 发布了MAESTRO。 v1.0.1 提供Docker镜像以方便安装。请注意,该映像不包含cellranger/cellranger ATAC及其相应的基因组索引。请根据安装说明自行安装相关工具。

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客服
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  • MAESTRO
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    Maestro是一款专为单细胞转录组和表观基因组数据分析设计的高效软件管道,旨在简化复杂的数据处理流程,加速科学发现。 MAESTRO(Single-Cell Analysis Ecosystem for T-cell RNA and ATAC Sequencing)是一个综合的单细胞RNA-seq和ATAC-seq分析平台,内置了多种工具和软件包以创建一个集成管道。该系统能够从原始测序数据(fastq文件)开始进行比对、质量控制、细胞过滤、归一化、无监督聚类、差异表达等操作,并支持scRNA-seq协议及scATAC-seq协议的峰调用、细胞类型注释和转录调控分析。 更新记录: v1.0.0 发布了MAESTRO。 v1.0.1 提供Docker镜像以方便安装。请注意,该映像不包含cellranger/cellranger ATAC及其相应的基因组索引。请根据安装说明自行安装相关工具。
  • PatchSeqTools: Patch-seq 数据的质量控制类型
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    PatchSeqTools是一款专为Patch-seq技术设计的数据分析工具,它集成了质量控制和细胞类型分类功能,能够高效处理转录组数据,帮助研究人员深入理解神经元的基因表达特征。 Allen Institute Patch-seq 文档和工具 Patch-seq 是一种强大的技术,能够对单个神经元进行多模式表征——包括电生理学、形态学和转录组学信息。艾伦研究所优化了这项技术以高效收集高质量数据,并在此存储库中提供了相关手稿链接、详细协议以及使用此技术的艾伦研究所论文等资源。 此外,该仓库还包含一个 R 包,用于 Patch-seq 细胞的质量控制及细胞分类。详情请参考详细的 Patch-seq 协议文档,在其中可以找到有关缩放和高保真电生理学、形态学与转录组学的多通道表征方法的信息。 相关的艾伦研究所资源还包括: - 艾伦研究所 Patch-seq 论文 - 鼠标视觉皮层数据集 - 人类 L2/3 细胞类型网络产品 - Morpho-Electric 数据库 - 单细胞 RNA 测序数据
  • 测序的流程
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    转录组测序的分析流程涉及从原始数据处理到基因表达量计算、差异表达分析等一系列步骤,旨在全面解析生物体在特定条件下的转录状态。 转录组测序分析流程主要包括数据预处理、基因表达量计算、差异表达基因筛选以及功能富集分析等步骤。首先对原始序列进行质量控制并去除低质量读段,然后使用比对工具将过滤后的reads映射到参考基因组上;其次根据比对结果统计每个转录本或基因的表达水平;接着通过比较不同实验条件下的样本数据来鉴定差异表达的基因;最后利用生物信息学软件进行GO注释和KEGG通路分析,揭示这些DEGs可能参与的生物学过程及信号传导途径。
  • miRDP2:高效精准的植物microRNA-开源
    优质
    miRDP2是一款高效的开源软件工具,专门用于深入分析和挖掘植物microRNA转录组数据,提供高精度预测与注释功能。 miRDeep-P2(简称miRDP2)是一款专门用于准确快速分析植物microRNA(miRNA)转录组的工具。它采用了改进版的miRDeep-P(简称miRDP)策略,并且优化了算法以提升性能。我们利用该软件对不同基因组大小的多种植物进行了测试,包括拟南芥、水稻、番茄、玉米和小麦等物种中的miRNA转录组分析。 与先前版本以及市场上其他计算工具相比,miRDP2在处理新一代测序(NGS)数据的速度上有显著提升。通过整合最新的植物microRNA注释标准,该软件的准确性也得到了大幅改进。实验结果表明,miRDP2是一款快速且准确地用于研究植物中microRNA转录组的强大工具。
  • Maestro::violin: Sofar Sounds的UI件库
    优质
    Maestro是一款专为Sofar Sounds设计的UI组件库,采用精美的小提琴图标,致力于提供高质量、可复用的前端界面元素。 Maestro 是一个基于 React 的组件库,在我们的官方设计系统之后开发的,旨在帮助开发者构建一致的用户体验。Sofa Sounds 通过在世界各地438个城市举办的精心策划的小型音乐会来重塑现场音乐体验。 要将 Maestro 安装为 npm 包,请使用以下命令: ```shell # 使用npm npm install @sofarsounds/maestro # 或者,如果您使用 Yarn: yarn add @sofarsounds/maestro ``` 同时别忘了安装 `react` 和 `react-dom` 的版本需要大于等于 4.0.0。 在您的项目中使用 Maestro: 1. 使用 `` 包装整个应用,并提供全局样式和配置。
  • 数据
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    胆组数据分析工具是一款专为数据处理与分析设计的应用程序,它提供了高效的数据导入、清洗及统计功能,帮助用户快速掌握复杂数据背后的规律和趋势。 胆组统计非常适合用于计划排列三、3D等彩票的分析。
  • MATLAB计数_Bb.zip_水岭算法割_水岭
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    本资源包提供了一种基于MATLAB的细胞图像处理技术,采用分水岭算法进行细胞自动识别与精确计数。通过先进的图像分割方法,有效提高细胞分析效率和准确性,适用于生物医学研究领域。 采用中值滤波和分水岭法去除小面积区域来实现紫色细胞的计数。