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灵活的DDG教程。

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简介:
本教程的最新版本为Flex ddG教程。在此活动中,您将运用Rosetta中的Flex ddG协议,对突变后的结合自由能(接口ΔΔG)进行精确建模和预测。该协议采用“backrub”协议,旨在充分采样构象的多样性。为了确保最佳运行效果,我们强烈建议您使用每周发布的“Rosetta 2017.52”(于2018年1月3日,星期三发布)或更高版本的Rosetta软件来执行本教程。 Flex ddG协议的详细信息如图1所示(来自)。 接下来,我们将通过一个示例来演示如何操作:示例1:在特定的突变集合上运行Flex ddG。请在下载的本教程副本中找到并执行`run_example_1.py`脚本。首先,确认`rosetta_scripts_path`变量已正确设置为您的Rosetta编译二进制文件所在的目录。然后,运行命令 `python run_example_1.py` 。 执行此操作后,您将能够观察到对Rosetta实例的模拟结果。

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