
Matlab KPCA代码-PCA-PMI:量化网络直接关联部分互信息的代码
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简介:
这段代码实现了一种基于KPCA和PMI的方法来量化神经网络中节点间的直接相互作用强度。使用MATLAB语言编写,适用于复杂系统数据分析。
Matlab kpca程序中的PCA-PMI用于量化网络中直接关联的部分互信息。“PCA”在这里指PC算法(一种网络结构推断算法),与主成分分析无关。PMI是相互信息的一部分,用作估计条件独立性的新标准。
要使用我们实现的所有方法以及进行比较的方法,请运行/lib文件夹中的make.m脚本将路径临时添加到Matlab搜索路径中;如果希望永久添加该路径,则请运行make-p命令,并在完成后从“设置路径”底部删除此路径。以下是各函数的用途:
- cmi.m:使用bin方法计算条件互信息
- pmi.m:使用bin方法计算部分互信息
- pmiguass.m:用高斯分布近似的方法来计算部分互信息
- dcorr.m:用于计算距离相关性
- pdcor:局部距离相关的计算函数
- graphicalLasso.m:利用图形拉索进行网络结构推断的实现代码。
- pca_pmi.m: 结合了PC算法和部分互信息,用于执行网络结构推断。
- kpca_pmi.m: 该文件结合核化后的部分互信息与PC算法以完成网络结构推理任务
- pca_cmi.m:利用条件互信息改进的PC算法来实现网络结构推断功能。
- pcapcc.m:使用皮尔逊相关性的PC算法进行网络结构推断。
示例代码请参见conf。
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