基因序列比较分析
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简介：
基因序列比较分析是通过对比不同生物或同一生物不同类型细胞中的DNA序列，研究其结构与功能异同的过程。这种方法有助于揭示物种进化关系、遗传变异及疾病发生机制等重要生物学问题。
类基因由4种核苷酸组成，并分别用字母A、C、T、G表示。编写一个程序来比较两个给定的基因序列并确定它们之间的相似度。
例如，有两个基因序列AGTGATG和GTTAG，我们需要计算这两个序列有多相似。
一种测量方法是通过对齐的方式，在适当的位置加入空格使两者的长度一致，然后根据分值矩阵进行分数计算。该矩阵如下：
| | A | C | G | T |
|---|----|----|----|---|
| A | 5 | 1 | 2 | 1 |
| C | 1 | 5 | 3 | 2 |
| G | 2 | 3 | 5 | 2 |
| T | 1 | 2 | 2 |5|
对于给定的序列AGTGATG和GTTAG，我们可以找到两种对齐方式：
第一种：在第一个序列中插入一个空格得到 AGTAT G ，然后将第二个序列变为 GTTAG。这种情况下得分是 3 + 5 + 5 +2+ 3 + 5 +1 = 9。
第二种：直接让两个序列成为AGTGATG和GT T A G，得分为 3 +5+5+2+5+1+4=14。
以上两种对齐方式中，得分最高的为最优解。因此这两个基因的相似度就为14分。
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