使用Ubuntu和Python将nii图像转换并保存为png格式

简介：
本教程详细介绍了如何在Ubuntu系统中利用Python脚本，将医学影像常用的nii格式文件转换并保存为png图片格式，适用于科研与教学场景。 在IT领域，特别是在数据分析与医学图像处理方面，经常需要进行不同格式的图像转换工作。这篇教程主要讲解了如何使用Python编程语言，在Ubuntu操作系统上将.nii格式的医学图像文件转化为更常见的.png格式。 为了实现这一目标，首先我们需要安装一些必要的库： - `nibabel`：用于读取和写入神经影像数据，支持包括.nii在内的多种格式。 - `numpy`：处理数组操作的核心库，对于图像处理来说至关重要。 - `imageio`：提供高级别的图像读写功能，可以方便地保存为不同格式的图像文件。 - `os`：用于执行基本的文件和目录相关操作。 以下是转换过程的关键步骤： 1. **读取.nii文件**： 使用`nibabel.load()`函数加载.nii文件，并通过调用`get_fdata()`方法获取其内部数据，这将返回一个三维数组，对应于图像的长、宽及切片（或时间序列）的信息。 ```python def read_niifile(niifile): img = nib.load(niifile) img_fdata = img.get_fdata() return img_fdata ``` 2. **保存为.png格式**： 遍历图像的所有切片，使用`imageio.imwrite()`函数将每个切片的数据转换并保存为单独的.png文件。这个过程需要指定输出目录和文件名。 ```python def save_fig(file, savepicdir): fdata = read_niifile(file) (x, y, z) = fdata.shape if not os.path.exists(savepicdir): os.mkdir(savepicdir) for k in range(z): slice_data = fdata[k,:,:] imageio.imwrite(os.path.join(savepicdir,f{k}.png),slice_data) ``` 在实际应用中，你需要定义输入的.nii文件路径和输出的.png文件保存路径。例如： ```python dir = ...nii savepicdir = ... save_fig(dir, savepicdir) ``` 需要注意的是，在上述代码示例里假设每个.nii文件仅有一个时间序列（即只包含一个三维切片集）。如果有多个时间点，`get_fdata()`将返回四维数组。因此可能需要调整保存代码以处理额外的时间维度。 在医学图像处理中进行这样的转换可以用于可视化、分析或与其他不支持.nii格式的工具交互使用。转换后的.png文件可以直接用任何支持该格式的应用程序打开，并可用于进一步的图像处理和研究任务。 由于.nii文件通常包含更多元数据，例如空间分辨率及坐标轴信息，在此过程中可能会丢失这些额外的信息；因此在后续的数据分析中需要考虑是否还需要这些附加信息。 总的来说，这篇教程提供了一种简单但实用的方法来使用Python将.nii格式医学图像转换为.png格式。这对于那些希望在其项目或研究中跨平台共享和处理图像的开发人员与科研工作者非常有用。通过这种方式可以确保数据能够被更广泛的社区访问及利用。