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Augustus: 基因组注释及AUGUSTUS应用程序

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简介：
Augustus是一款强大的基因预测软件，用于真核生物的基因组注释。它能够准确地识别和定位基因，并提供用户友好的图形界面和命令行工具，方便研究人员进行深度分析。 AUGUSTUS是一种用于在一个或多个基因组中查找基因及其结构的程序。对于Windows用户来说，可以使用Linux的Windows子系统（WSL）完全按照针对Linux的说明来安装AUGUSTUS，并介绍了如何为该软件在WSL上进行设置。 目前支持的操作系统版本包括Ubuntu 18.04或更高版本。 此安装方法仅提供不具有比较基因预测功能的基本单基因组版。可以通过以下命令行安装： ``` sudo apt install augustus augustus-data augustus-doc ``` 若要获取最新的完整版本，可从GitHub克隆存储库： ``` git clone https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus.git ``` 或者下载并解压缩AUGUSTUS源程序包： ``` tar -xzf augustus.current.tar.gz ```

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  • Augustus: 基因组注释及AUGUSTUS应用程序
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    Augustus是一款强大的基因预测软件，用于真核生物的基因组注释。它能够准确地识别和定位基因，并提供用户友好的图形界面和命令行工具，方便研究人员进行深度分析。 AUGUSTUS是一种用于在一个或多个基因组中查找基因及其结构的程序。对于Windows用户来说，可以使用Linux的Windows子系统（WSL）完全按照针对Linux的说明来安装AUGUSTUS，并介绍了如何为该软件在WSL上进行设置。 目前支持的操作系统版本包括Ubuntu 18.04或更高版本。 此安装方法仅提供不具有比较基因预测功能的基本单基因组版。可以通过以下命令行安装： ``` sudo apt install augustus augustus-data augustus-doc ``` 若要获取最新的完整版本，可从GitHub克隆存储库： ``` git clone https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus.git ``` 或者下载并解压缩AUGUSTUS源程序包： ``` tar -xzf augustus.current.tar.gz ```
     
  • PM_DICOT基因组的MAKER2注释: 四个基因组的研究
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    本研究采用MAKER2工具对四个不同PM_DICOT植物基因组进行深入注释分析，旨在揭示这些物种独特的遗传信息与进化关系。 MAKER2_PM_genome_annotation 使用 MAKER2 对四个 DICOT PM 基因组参考进行注释的软件与数据： **软件先决条件：** - RepeatModeler（版本 1.0.4），包括所有依赖项，如 NCBI BLAST。 - RepeatMasker（版本 4.0.5）和 RepBase（使用的是2015年8月7日版）。 - MAKER 版本 2.31.9 或其他任何版本 2 发行版均可。 - Augustus 版本 3.3 - BUSCO 版本 3 - SNAP - BEDtools（版本为2.24.0） **原始数据/资源：** 1. 基因组支架文件： - > Genome.fa: 使用 CLCbio 从头组装的参考基因组。 - 脱氨修饰 = 是 - 脱氨限制 = 2 - 质量修剪 = 是 - 质量限
     
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    简介：VIGOR3是一款先进的开源软件工具，专门用于自动化病毒基因组的功能注释和分析。它能够处理大量数据，提供准确、高效的基因预测及功能分类，助力病毒学研究的深入发展。 VIGOR 是一款用于识别病毒基因组编码基因的工具。它由 Jeff Hoover 和 Wang Shiliang 为 JCVI 传染病基因组测序中心（GSCID）开发。相关研究详情请参阅文献：http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2105-11-451.pdf
     
  • RepeatMasker的安装与使用——基因组重复序列注释（附资源）
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    本文介绍了如何安装和使用RepeatMasker软件进行基因组中重复序列的注释，并提供了相关资源链接。适合生物信息学研究者参考学习。 RepeatMasker安装和使用指南——基因组重复序列注释 本段落介绍了如何进行RepeatMasker的安装以及在基因组研究中的应用，特别是针对识别和注释基因组中的重复序列方面的作用。通过遵循提供的步骤，研究人员可以有效地利用RepeatMasker来增强对特定物种遗传信息的理解与分析能力。
     
  • Prokka：高效的原核基因组注释工具
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    Prokka是一款用于快速、高效地对原核生物基因组进行自动注释的软件工具。它能够迅速处理大规模数据集，并提供高质量的功能预测和分类信息，是生物信息学研究中的重要资源。 全基因组注释是指识别一组基因组DNA序列中的重要特征，并用有用的信息对其进行标记的过程。Prokka是一种软件工具，可以快速注释细菌、古细菌和病毒的基因组，并生成符合标准的输出文件。 安装Bioconda时，请使用以下命令： ``` conda install -c conda-forge -c bioconda -c defaults prokka ``` 如果您使用的是Homebrew或Docker，则分别执行以下命令进行安装： 对于Homebrew，您可以运行： ``` brew install brewsci/bio/prokka ``` 对于Docker，请先拉取最新镜像： ``` docker pull staphb/prokka:latest ``` 然后创建并启动容器实例查看帮助信息： ``` docker run staphb/prokka:latest prokka -h ``` 使用Singularity时，可以构建Prokka的sif文件如下所示： ```shell singularity build prokka.sif docker://staphb/prokka:latest ```
     
  • Funannotate：真核基因组的注释工具管道
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  • kSNP: 开源工具用于全基因组SNP发现与注释
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    kSNP是一款开源软件工具，专门设计用于从全基因组数据中识别和注释单核苷酸多态性（SNPs），助力遗传学研究。 kSNP 软件能够识别一组基因组序列中的全基因组单核苷酸多态性（SNP），并基于这些 SNP 估算系统发育树。该软件的 SNP 发现功能是通过 k-mer 分析实现的，不需要进行多重序列比对或选择参考基因组，因此可以处理多达一百多个微生物基因组的数据输入。每个 SNP 基因座由围绕中央 SNP 等位基因的一段长度为 k 的寡核苷酸定义。 kSNP 软件能够分析已装配的重叠群以及原始未装配读数中的完整（已完成）和不完整的基因组数据。它可以同时处理完成的和未完成的基因组，并且该软件可以自动下载 Genbank 文件，将这些文件的信息合并到 SNP 注释中。 Gardner 和 Hall 在 2013 年的研究指出，在全基因组比对不可行的情况下，kSNP v2 软件可用于无参考序列的 SNP 发现和处理数百种微生物基因组的数据。
     
  • MEGAN宏基因组注释与可视化的入门指南
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