BLAST算法简介: BLAST

简介：
BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种用于比较序列间相似性的生物信息学工具，广泛应用于基因和蛋白质的研究中。 Smith-Waterman 和 Needleman-Wunsch 是用于序列对齐的两种算法，在 C 中实现这两种算法可以提供最佳局部（Smith-Waterman）和全局（Needleman-Wunsch）对齐功能。这些实现旨在快速、便携且易于使用，通过命令行实用程序 smith_waterman 和 needleman_wunsch 可以灵活地进行操作。代码也可以很容易地被第三方程序集成到自己的项目中，具体示例可以在 nw_example/ 和 sw_example/ 目录下找到。 此外，还提供了一个 Perl 模块为这些程序提供了 Perl API 接口。主要功能包括： - 对任何一对 ASCII 序列（如 DNA、蛋白质或单词）进行对齐 - 提供自定义比对评分系统的选择或是使用通用的评分系统（比如 BLOSUM） - 支持指定通配符，用于匹配任意字符，并且可以选择局部和全局对齐模式。