Z_PMF: 利用加权直方图分析法（WHAM）评估伞形采样模拟中平均力(PMF)的计算能力

简介：
本文介绍了Z_PMF方法，采用加权直方图分析法评估伞形采样模拟中的平均力泊松-麦克斯韦-玻尔兹曼（PMF）计算准确性与效率，为分子动力学研究提供新的工具。 该程序用于利用Benoît Roux在1995年的工作（Roux B. Comput Phys Comm., 1995; 91:275-）中概述的加权直方图分析方法 (WHAM) 来从伞状采样模拟数据计算平均力势能(PMF)。请注意，该程序尚未经过彻底测试。 当前存在的限制包括： - 只适用于GROMACS模拟包中的数据。 - 仅限于一维PMF的计算。 - 输入的数据必须是来自GROMACS的pullx.xvg格式，并且还未实现对pullf.xvg文件的支持。 - 几个关键参数如温度和直方图范围都是硬编码设定。 该程序依赖以下库： Boost 库（特别是boost 文件系统、boost 系统及 boost program_options） 开发此程序的主要目的是为了更好地理解WHAM的实现过程，并且因为Grossfield 的 wham 程序需要一个复杂的元数据文件，而这个文件包含了大量的配置细节。