SeqExtract: 根据基因名称从参考基因组中抽取序列

简介：
SeqExtract是一款高效的生物信息学工具，专门用于依据给定的基因名称自动从参考基因组数据库中提取目标DNA或RNA序列。 序列提取可以通过给出基因名称从参考基因组中提取相应的序列。 `rescue.py` 和 `seq_extract_rescue.py` 脚本用于从宇宙文件中恢复缺失的基因。 - `seq_extract.py` 只需要提供文件名作为输入参数。 - 使用 `seq_extract_rescue.py` 时，需要以下先决条件： - GTF 文件（基因转换格式） - 人类参考基因组 - 宇宙基因列表或特定基因名称列表 #### 先决条件系统环境包括： - pybedtools 库 - pysam 库 - Python 版本：2.7 ##### 使用说明： ``` usage: seq_extract_rescue.py [-h] -g file -t gtf_file -r ref_genome [-o STR] [-p STR] [-b INT] [-f] [-c] ``` 该命令用于提取目标基因并生成相关序列。