期权Matlab代码-COBRApy：基于约束的代谢网络建模工具包

简介：
COBRApy是一款用于代谢网络建模的Python工具包，支持基于约束的优化方法。本文提供其在MATLAB环境下的实现方式及应用实例。 COBRApy是一个用于基于约束的建模的Python软件包，在原核生物和真核生物中的代谢网络基因组规模建模领域得到了广泛应用。其设计目标是适应下一代复杂性的模型，并提供对常用方法如通量平衡分析、通量变异性分析以及基因缺失分析等的访问。 我们的目标在于为创建及管理代谢模型，使用流行求解器，利用FVA（Flux Variability Analysis）、FBA（Flux Balance Analysis）、pFBA（Parsimonious Flux Balance Analysis）和MOMA（Minimization Of Metabolic Adjustment）等多种方法分析模型，并检查得出关于基因重要性的结论以及测试敲除结果等提供一个有用且高效的基础设施。 通过重复使用相同的类和设计原则，COBRApy旨在使新方法更容易实现与应用，从而使更多的研究人员能够获取到基于约束的建模功能。我们欢迎有志于构建新的相关Python软件包（比如可视化、菌株设计及数据驱动分析等）的研发人员选择我们的基础设施作为开发的基础。 对于寻求帮助或提出问题的人们来说，请撰写一个明确的问题并提供足够的细节，这将有助于您更快地获得满意的答案。