BrainPrep: 使用FSL和ANT对大脑MRI图像进行预处理的流程，涵盖配准、颅骨去除、偏置场校正、增强及分割

简介：
BrainPrep是一款利用FSL和ANT工具对大脑MRI影像实施全面预处理的软件，包括配准、去颅骨化、偏置场矫正、图像强化与组织分割等步骤。 对ADNI数据集的大脑MR图像进行预处理的流程如下：使用FSL（FMRIB软件库）和ANTs（高级归一化工具）。首先需要安装这两个工具，按照官方指南下载并安装FSL，并从源代码编译ANTs。 接下来是Python相关环境搭建。需确保已安装以下必要的Python包： - tqdm - nibabel - matplotlib - scikit-fuzzy（可选） - scikit-learn（可选） 数据集方面，这里使用的是ADNI1和ADNI2的阿尔茨海默病(AD)及正常对照(NC)筛选图像。原始图像的一个示例已包含在内。 文件整理步骤：切换到src目录下运行reorgnize.py脚本，此操作会将来自ADNI1与ADNI2的数据合并至同一文件夹中。 ``` python reorgnize.py ``` 最后执行注册过程，通过FSL的FLIRT工具实现图像坐标系转换： ``` python registraion.py ```