FishPhyloMaker：构建地方鱼类的系统发生历史

简介：
FishPhyloMaker是一款专注于构建特定地区鱼类系统发生树的软件工具，它帮助研究人员追溯和理解当地鱼类的进化历程与亲缘关系。 FishPhyloMaker 软件包的核心功能是通过编辑系统发育树来为当地鱼类种群建立系统发育关系。这一过程首先下载提供的原始系统发育树，并逐步替换或删除其中的非目标物种，最终生成仅包含指定所需物种的新系统发育树。 具体来说，在构建新系统发育时，FishPhyloMaker 会优先考虑添加与现有树中已存在属相关的所有鱼类（即同属物种）。对于那些在当前系统发育树上没有相同属代表的物种，则依次查找同一科或更高一级分类阶元中的其他相关物种。这一过程中，用户需要指定最接近目标插入位置的具体属。 完成编辑后，FishPhyloMaker 函数会返回一个包含所需鱼类信息的新phylo对象以及（如果设置参数return.insertions为TRUE）一个数据框，该数据框记录了所有被添加进系统发育树的物种，并且每个物种旁附有一个字符标签以指示其插入位置。此外，用户可以根据这些标记了解各个物种在新构建的系统发育中的相对顺序和关系。